摘要: edgeR包是进行RNA-seq数据分析非常常用的一个R包。该包需要输入每个基因关于每个样本的reads数的数据,每行对应一个基因,每一列对应一个样本。 安装edgeR 先启动R,然后运行下面代码:if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE 阅读全文
posted @ 2021-06-13 22:25 emanlee 阅读(1518) 评论(0) 推荐(0)
摘要: RNA的表达水平矩阵稀疏 把reads比对到基因组,然后计算比对到基因上的read count。发现表达矩阵十分稀疏。 RNA的表达水平填补问题: 相对于bulk转录组测序,单细胞测序具有更高的噪声水平。 单细胞测序时,有些基因表达量较低而无法完全被检测到,这种由技术造成的检测基因表达数据不真实的情 阅读全文
posted @ 2021-06-13 10:14 emanlee 阅读(225) 评论(0) 推荐(0)