2015年9月21日
统计tophat map上的read数量
摘要： samtools flagstat /SRA111111/SRR111222/accepted_hits.bam 78406056 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) (1)0 + 0 duplicates78406056 + 0 map 阅读全文
posted @ 2015-09-21 19:46 emanlee 阅读(1372) 评论(0) 推荐(0)
统计fastq文件中读段的数量
摘要： mycount=`cat SRR108114_new_1.fastq | wc -l` echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_1.fastq: '$((mycount/4)) >> SRR108114.stat mycount=`cat SRR1081... 阅读全文
posted @ 2015-09-21 18:36 emanlee 阅读(1007) 评论(0) 推荐(0)