11 2011 档案
摘要：单因素方差分析 （一）单因素方差分析概念 是用来研究一个控制变量的不同水平是否对观测变量产生了显著影响。这里，由于仅研究单个因素对观测变量的影响，因此称为单因素方差分析。 例如，分析不同施肥量是否给农作物产量带来显著影响，考察地区差异是否影响妇女的生育率，研究学历对工资收入的影响等。这些问题都可以通过单因素方差分析得到答案。 （二）单因素方差分析步骤 第一步是明确观测变...
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摘要：怎么改变eclipse 中代码字体大小(eclipse 字号大小: preference – general – appearance – colors and fonts – basic – Text Font)
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摘要：RNAfold是预测序列二级结构的软件。 本地版下载地址： http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/windoze/ 在上面网址中还有其他预测结构的软件可供下载。现在主要介绍一下本地下载版的使用方法： 1.不能够双击应用程序，若双击RNAfold.exe应用,只能手动输入序列，而且只能一条一条输入，极其麻烦。 2.应该在Dos...
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摘要：apt-get: debian系系统的软件包管理程序(其图形化前端就是大名鼎鼎的新立得了),会自动帮你搞定依赖关系 最常用参数: update —-与你的软件源(在/etc/apt/sources.list中列出)更新软件包列表,换源后需要执行 upgrade —-根据update得到的源软件库与本地已经安装的对比,(如果需要升级就)全部升级 ...
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摘要：Perltidy is a Perl script which indents and reformats Perl scripts to make them easier to read. If you write Perl scripts, or spend much time reading
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摘要：在win 2003企业版操作系统下，卸载Oracle 9i ： 1.停止所有Oracle服务：在控制面板 -> 管理工具 -> 服务 -> 停止所有 oracle 服务 2.卸载程序：在开始菜单选择oracle的 Universal Installer选项 卸载所有oracle 产品（Universal Installer本身不能被删除） 或者：找到oracle 9i的安...
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摘要：一、安装telnet软件包(通常要两个） 1、 telnet-client (或 telnet)，这个软件包提供的是 telnet 客户端程序； 2、 telnet-server ，这个软件包提供的是 telnet 服务器端程序； 安装之前先检测是否这些软件包已安装，方法如下： ...
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摘要：Perl 中的正则表达式 正则表达式是 Perl 语言的一大特色，也是 Perl 程序中的一点难点，不过如果大家能够很好的掌握他，就可以轻易地用正则表达式来完成字符串处理的任务，当然在 CGI 程序设计中就更能得心应手了。下面我们列出一些正则表达式书写时的一些基本语法规则。 1 正则表达式的三种形式
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摘要：Eclipse -- window -- preferences -- run/debug -- console -- Fixed with console，开启Fixed with console
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摘要：$- 当前页可打印的行数,属于Perl格式系统的一部分 $! 根据上下文内容返回错误号或者错误串 $” 列表分隔符 $# 打印数字时默认的数字输出格式 $$ Perl解释器的进程ID $% 当前输出通道的当前页号 $& 与上个格式匹配的字符串 $( 当前进程的组ID $) 当前进程的有效组ID $*
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摘要：getopts的使用问题 #!/usr/bin/perl #execute ABC.pl -s 999 -g -t use Getopt::Std; getopts('s:t:g:',\%opts); foreach my $key ( keys %opts){ print $key,"-->;",
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摘要：megablast 采用贪婪式算法，速度较一般blast快，多用于数据量大且序列相似性较高的情况。megablast 参数说明./megablast --helpmegablast 2.2.11 arguments: -d Database [String] default = nr -i Query File [File In] -e Expectation value [Real] default = 10.0 -m alignment view options: 0 = pairwise, 1 = query-anchored showing i...
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摘要：formatdb is an outdated software tool in molecular bioinformatics to format protein or nucleotide databases for BLAST. It has been replaced by the tool makeblastdb and the NCBI "strongly encourage[s]" users to stop using formatdb.The formatdb.exe program is part of the BLAST release, which
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摘要：根据oracle文档的解释： Cause: The control file change sequence number in the datafile is greater than the number in the control file. This implies that the wrong control file is being used. Note that repea...
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摘要：命令行执行：ppm install padwalker-------------------------------------------------------------C:\Documents and Settings\Administrator>ppm install padwalkerDownloading ActiveState Package Repository packlist...doneUpdating ActiveState Package Repository database...doneSyncing site PPM database with .pac
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摘要：现象： Eclipse IDE for Java Developers Version: Helios Service Release 1，已经安装了epic和padwalker。perl环境装的是activePerl。没有手动设置过系统的参数和Eclipse的参数。 可以正常Run，但是不能Deb
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摘要：The Burrows–Wheeler transform (BWT, also called block-sorting compression), is an algorithm used in data compression techniques such as bzip2. It was invented by Michael Burrows and David Wheeler in 1...
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摘要：What is Bowtie 2? Bowtie 2 is an ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences. It is particularly good at aligning reads of about 50 up to 100s or 1,0...
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摘要：解读报告前需要掌握的概念 alignments 代表比对上的两个序列 hits 表示两个序列比对上的片段 Score 比对得分，如果序列匹配上得分，不一样，减分，分值越高，两个序列相似性越高 E Value 值越小，越可信，相对的一个统计值。 Length 输入序列的长度 Identities 一致性，就是两个序列有多少是一样的 Query 代表输入序列...
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摘要：安装Randfold 软件下载：http://bioinformatics.psb.ugent.be/supplementary_data/erbon/nov2003/ 安装：tar zxvf randfold.tar.gz cd randfold-2.0 make cp randfold /usr/local/bin ...
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摘要：问题： ubuntu没有权限（不能）创建文件夹（目录），怎么没权限呢？我可是administrator？！ 方法： 可以在终端直接运行 sudo nautilus ，弹出来的nautilus可以直接GUI操作，中途别关终端。
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摘要：查看软件xxx安装内容 dpkg -L xxx 查找软件库中的软件 apt-cache search 正则表达式 查找软件库中的软件 aptitude search 软件包 查找文件属于哪个包 dpkg -S filename 查找文件属于哪个包 apt-file search filename 查询软件xxx依赖哪些包 apt-ca...
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摘要：I am running ubuntu on Vmware and have a local folder mapped so the virtual machine can access the files. The "real" files are localed under D:/something and appear in Ubuntu uder root/mnt/hgfs/someth...
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摘要：mkdir 目录名创建一个目录 rmdir 空目录名删除一个空目录 rm 文件名文件名删除一个文件或多个文件 rm –rf 非空目录名删除一个非空目录下的一切 touch 文件名创建一个空文件 重命名文件夹 执行格式： mv source destination Example: mv file1 file2 将文件 file1，更改文件名为 file2。 mv file1 dir1...
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摘要：ECHO命令是大家都熟悉的DOS批处理命令的一条子命令，但它的一些功能和用法也许你并不是全都知道，不信你瞧： 1． 作为控制批处理命令在执行时是否显示命令行自身的开关 格式：ECHO [ON|OFF] 如果想关闭“ECHO OFF”命令行自身的显示，则需要在该命令行前加上“@”。 2． 显示当前ECHO设置状态 格式：ECHO 3． 输出提示信息 格式：ECHO信息内容 上述是EC...
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摘要：vi/vim 基本使用方法 vi编辑器是所有Unix及Linux系统下标准的编辑器，它的强大不逊色于任何最新的文本编辑器，这里只是简单地介绍一下它的用法和一小部分指令。由于对Unix及Linux系统的任何版本，vi编辑器是完全相同的，因此您可以在其他任何介绍vi的地方进一步了解它。Vi也是Linux
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摘要：root 用户和 sudo 命令 GNU/Linux 系统的 root 用户具有系统的管理权限。出于安全考虑，普通用户并不具备这一权限。不过，Ubuntu 上并不包含 root 用户，而是将管理员权限授予特定用户，他们可以使用 "sudo" 应用程序来执行管理任务。默认情况下，在您的系统安装过程中创建的第一个用户帐号具有使用 sudo 的权限。您可以通过用户和组来限制和赋予用户运行 sudo 的...
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摘要：在Linux里设置环境变量的方法（export PATH） 一般来说，配置交叉编译工具链的时候需要指定编译工具的路径，此时就需要设置环境变量。例如我的mips-linux-gcc编译器在“/opt/au1200_rm/build_tools/bin”目录下，build_tools就是我的编译工具，则有如下三种方法来设置环境变量： 1、直接用export命令： #export PA...
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