第三章，DNA序列的进化演变

31、前言

3.1、两个序列间的核苷酸差异

来自同一祖先序列的两条后裔序列，之间的核苷酸的差异随着时间的增加而变大。简单的计量方法，p距离

3.2、核苷酸代替数的估计

3.3、Jukes和Cantor模型

该模型假定任一位点的核苷替代都已相同频率发生，且每一位点的核苷酸每年以α概率演变为其它任意3种核苷酸中的一种。因此，每个位点每年的核苷酸代替率γ=3α

3.4、Kimura两参数法

 在实际情况中，转换替代速率大于颠换速率。考虑到该情况，Kimura提出了新模型，来计算每个位点的氨基酸替代数。

 

 3.5、Tajam和Nei模型

 3.6、Tamura模型

  3.7、Tamura和NEI模型

  3.8、不同距离的比较

3.9、举例

 3.10、Γ距离

 3.11、进化距离的数值估计

3.12、核苷酸序列的对位排列

3.13、进化距离估计中有关序列间隔的处理