摘要: 本文作为一个入门级的文章,主要介绍了分子动力学模拟中增强采样的基本概念与相应工具的安装和使用。PLUMED是业界比较出名的一款增强采样开源软件,能够对接多个分子动力学模拟软件,如GROMACS等,并利用这些软件生成的路径信息来进行采样。并且为了可以在python上也能看到路径信息等重要数据,可以考虑使用mdconvert将路径数据转化成python上常用的hdf5格式并用h5py进行读写。 阅读全文
posted @ 2021-07-12 14:32 DECHIN 阅读(310) 评论(0) 推荐(0) 编辑