2025最新【PyMOL】史上最全PyMOL安装教程,图文教程(超详细)

最近我在研究蛋白质结构时，发现PyMOL这款分子可视化软件真的特别好用，所以今天就把我的安装过程分享给大家。如果你也正在寻找一款能够展示生物分子3D结构的专业软件，PyMOL绝对值得一试，它在结构生物学和药物设计领域可是相当受欢迎呢！

安装前的一些小提醒

安装前我踩过几个坑，所以先提醒一下：

• 我用的是Windows 11系统，64位的，这款软件在win10及以上系统运行最稳定
• 安装前最好先关闭杀毒软件（比如腾讯管家、360或Windows自带的Defender），避免出现一些奇奇怪怪的问题
• 整个安装过程也就几分钟，还是挺简单的

PyMOL下载

我这里找到了最新版本的PyMOL 3.0.3，下载地址如下：
https://pan.quark.cn/s/f489d89b98b4

PyMOL安装教程

1. 首先把下载的安装包解压到一个你容易找到的地方
   

2. 找到解压后的安装程序，右键选择"以管理员身份运行"（这一步很重要，不然后面可能会遇到权限问题）
   

3. 看到安装向导后，点击【Next】继续
   

4. 阅读一下用户协议，然后点击【I Agree】表示同意
   

5. 这一步没什么特别设置，直接点击【Next】
   

6. 软件安装位置，我就用了默认的路径，感觉挺好的，然后点击【Next】
   

7. 确认一下前面的设置没问题，点击【Install】开始安装
   

8. 这时候就等它自己安装完成，我趁这功夫去泡了杯咖啡...
   

9. 安装完成后，点击【Next】
   

10. 接下来是比较关键的一步：需要找到C盘下的ProgramData文件夹（这个文件夹默认是隐藏的，如果找不到，需要在文件资源管理器中设置显示隐藏文件）
    

11. 找到ProgramData里的PyMol文件夹，然后把解压包中的两个文件复制过来，覆盖原来的文件
    

12. 现在可以打开PyMol软件了，我们需要导入.lic许可证文件来完成配置
    

13. 双击桌面上的PyMol图标，打开软件
    

14. 导入许可证文件，这样就能正常使用了
    

15. 大功告成！现在可以开始使用PyMOL了
    

好了，整个PyMOL的安装过程就是这么简单。其实回头看，整个过程也就是几分钟的事，但第一次安装可能会有点摸不着头脑。希望我这份详细的安装教程能帮到你！

常见问题解决方案

在我使用PyMOL的过程中，遇到过一些常见问题，这里分享一下解决方法：

1. 如果软件打开后界面显示异常，尝试更新显卡驱动
2. 导入PDB文件后没有显示分子，检查一下文件格式是否正确
3. 软件运行卡顿，可以在Display菜单中降低质量设置，提高运行流畅度
4. 颜色显示不正确，可能是显示设置问题，尝试在Setting > Colors中调整

希望我分享的这些PyMOL安装教程和使用小技巧对你有所帮助。分子可视化真的是个很有意思的领域，随着你越来越熟悉PyMOL，你会发现它能做的事情远不止这些！