生物信息学 - 随笔分类 - WarningMessage

摘要：fastp是一款数据质控过滤软件，fastp可以实现处理数据的一次性处理，包括过滤低质量，过滤adapter，截取reads，split分割大文件等操作阅读全文

posted @ 2020-07-14 16:24 WarningMessage 阅读(12916) 评论(0) 推荐(0)

摘要：可以用来切除illumina测序平台的接头序列，还可以去除由我们自己指定的特定接头序列，而且同时也能够过滤read末尾的低质量序列。阅读全文

posted @ 2020-07-13 09:18 WarningMessage 阅读(4811) 评论(0) 推荐(0)

摘要：Trim Galore是对FastQC和cutadapt的包装。适用于所有高通量测序，包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq )、 Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步：阅读全文

posted @ 2020-06-24 09:45 WarningMessage 阅读(3816) 评论(0) 推荐(0)

摘要：FastQC用于可视化评估测序数据的质量阅读全文

posted @ 2020-06-24 09:33 WarningMessage 阅读(979) 评论(0) 推荐(0)

摘要：VCF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文件，下面所记录的是以GATK软件结果的VCF文件，与SAMtools的结果有点不同阅读全文

posted @ 2020-06-22 16:11 WarningMessage 阅读(1317) 评论(0) 推荐(0)

摘要：SAM文件由两部分组成：头部信息和比对信息，都是以tab键分隔。阅读全文

posted @ 2020-06-22 16:07 WarningMessage 阅读(8363) 评论(0) 推荐(0)

摘要：BED文件每行至少包含chrom，chromStart，chromEnd三列；另外还可以添加额外的9列，这些列的顺序是固定的。阅读全文

posted @ 2020-06-22 15:56 WarningMessage 阅读(3007) 评论(0) 推荐(0)

随笔分类 - 生物信息学