geo数据上传-单细胞

NCBI网址： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
单细胞原始测序数据大,raw data建议通过ASCP上传到SRA。processed data在geo通过filezilla上传。

提交高通量测序原始数据到 SRA --- 操作流程：
https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzkwMjM0MzA5MA==&mid=2247487888&idx=1&sn=150d8b97eeedf551d8913eb7bec5b885&chksm=c0a7a14df7d0285b71539109e02649856e2ed7dcb287420817d5f9fe4575ee56285ed0216553&token=900416268&lang=zh_CN#rd
注意：一定要把所有fastq文件放到同一个文件夹下！！！！！！！不要分样本放到不同文件夹

提交高通量测序处理数据到 GEO --- 操作流程：
https://blog.csdn.net/weixin_45851732/article/details/140690672

windows系统ASCP安装与使用：
https://www.omicsclass.com/article/2448
其中我的local地址：C:\Users\corrs\AppData\Local\Programs\IBM\Aspera Connect\bin

<path/to/key_file> 获取：

我运行的命令：
ascp -i C:\Users\corrs\Desktop\aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d E:\KYSY-14480_240866\origData\240866A_Control_1 subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/chidm_sysucc.org.cn_8W4V8pVm
ascp -i C:\Users\corrs\Desktop\aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d E:\KYSY-14480_240866\origData\240866A_Control_2 subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/chidm_sysucc.org.cn_8W4V8pVm
ascp -i C:\Users\corrs\Desktop\aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d E:\KYSY-14480_240866\origData\240866A_Control_3 subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/chidm_sysucc.org.cn_8W4V8pVm
ascp -i C:\Users\corrs\Desktop\aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d E:\KYSY-14480_240866\origData\240866A_Stress_1 subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/chidm_sysucc.org.cn_8W4V8pVm
ascp -i C:\Users\corrs\Desktop\aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d E:\KYSY-14480_240866\origData\240866A_Stress_2 subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/chidm_sysucc.org.cn_8W4V8pVm
ascp -i C:\Users\corrs\Desktop\aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d E:\KYSY-14480_240866\origData\240866A_Stress_3 subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/chidm_sysucc.org.cn_8W4V8pVm