dorothea本地安装--好难安装

BiocManager::install("bcellViper", version = "3.18") #先安装依赖包
#github下载/public/home/chidm/Downloads/dorothea-master.zip
# 1 .zip转化为.tar.gz
cd /public/home/chidm/Downloads
unzip dorothea-master.zip

# 2. 压缩成 tar.gz（R 标准源码格式）
tar -czvf dorothea-master.tar.gz dorothea-master

install.packages("/public/home/chidm/Downloads/dorothea-master.tar.gz",
                 repos = NULL, type = "source")

#报错：要先安装bcellViper！！！！！！！！！！
#bcellViper安装，因为conda下载某个包时太慢，断点，先conda在deseq2环境安装aria2c多线程下载工具，然后再下载
#1) 清理残留的半截文件
cd /public/home/chidm/Downloads
rm -f bcellViper_1.38.0.tar.gz bcellViper_1.38.0.tar.gz.aria2
#2) 重新下载（强制不续传 + 多镜像 + 完整性校验）
# Step 1. 用 aria2c 多线程下载 bcellViper 源码包（3个镜像同时尝试）
aria2c -x16 -s16 -k1M -o bcellViper_1.38.0.tar.gz \
  https://bioconductor.org/packages/3.18/data/experiment/src/contrib/bcellViper_1.38.0.tar.gz \
  https://ftp.gwdg.de/pub/misc/bioconductor/packages/3.18/data/experiment/src/contrib/bcellViper_1.38.0.tar.gz \
  https://bioconductor.statistik.tu-dortmund.de/packages/3.18/data/experiment/src/contrib/bcellViper_1.38.0.tar.gz
## 反复运行几次？？
# Step 2. 校验完整性（必须匹配官方 MD5）
# ======================
md5sum bcellViper_1.38.0.tar.gz
# 期望输出包含：
# 7e93bbaa204826358c77282e2a370074
#3）进入R，手动安装bcellViper
install.packages("/public/home/chidm/Downloads/bcellViper_1.38.0.tar.gz",
                 repos = NULL, type = "source")
library（bcellViper）
#4)手动安装dorothea
install.packages("/public/home/chidm/Downloads/dorothea-master.tar.gz",
                 repos = NULL, type = "source")