石乐志(2):Intel编译器安装运行Lammps-3Mar20

目录

• 一、安装环境要求
• 二、软件安装步骤
  • a.编译环境设置
  • b.软件下载及解压
  • c.Lammps的编译安装
  • d.Lammps的并行测试
  • e.Lammps的PBS脚本实例

一、安装环境要求

1.硬件环境：X86架构服务器
2.操作系统环境：Redhat，Centos，SUSE，Ubuntu等linux系统
3.Intel开发套件版本：parallel_studio_xe_2019_update5
4.安装：用root用户安装到/opt/software下
5.测试系统：CentOS7.6x64

二、软件安装步骤

a.编译环境设置

b.软件下载及解压

下载软件
wget https://lammps.sandia.gov/tars/lammps-stable.tar.gz
复制文件到opt/software/目录下
cp lammps-stable.tar.gz /opt/software
解压缩
tar -zxvf lammps-stable.tar.gz
而后，得到lammps的文件目录。

c.Lammps的编译安装

进入lammps的安装目录/src/
cd /lammps-3Mar2020/src/

d.Lammps的并行测试

make ps 可以查看已经各个package的状态 make ps ==> make package-status

编译
第一次安装并行 mpi 时,只需要 make -j 10 intel_cpu_intelmpi即可
**后期添加新的package时，需要对src文件夹中的编译文件进行清理，使用指令make clean-all来实现。
随后，make -j 10 intel_cpu_intelmpi即可。当前目录下会生成可执行文件 intel_cpu_intelmpi 。

Notes:
该方法适用于 intel 旗下的 mpi ，如果使用linux自带的mpi亦可！ 只需make mpi!

e.Lammps的PBS脚本实例

在集群中使用lammps时，借助PBS来实现操作，无需将src文件路径写入环境变量，直接在PBS脚本中调用即可！