化学链接

摘要: ToolkitOrganic Chemistry Toolkithttp://www.stolaf.edu/depts/chemistry/courses/toolkits/247/Chemistry Toolkit Rosetta Wikihttp://ctr.wikia.com/wiki/Chemistry_Toolkit_Rosetta_WikiPython for Chemistry infomationsOpenBabel(提供Python接口)http://openbabel.org/wiki/Main_Pagefrowns(100%Python实现)http://frowns.s 阅读全文
posted @ 2013-09-02 15:56 无聊之时 阅读(227) 评论(0) 推荐(0) 编辑

一个判断文件扩展名的函数

摘要: def fileType(fName): ''' 返回文件扩展名 如x.py则返回py ''' i=0 for c in fName: i+=1 if c=='.': pos=i if pos==len(fName): return 'Error' else: return fName[pos:] print fileType('aa.sf.sdfpy.exe')测试结果IDLE 1.2.4 ==== No Subprocess ... 阅读全文
posted @ 2013-08-19 17:31 无聊之时 阅读(449) 评论(0) 推荐(0) 编辑

OpenERP 7.0自定义模块的安装

摘要: 网上有一些讲述OpenERP自定义模块的安装方法,但是都讲的不是很清楚,估计写的人自己比较熟悉,所以认为很简单,一些细节没有写清楚,我是一个初学者,在这方面吃了一些亏,很能体会到那种摸不到门路的绝望感。国内有一些QQ群搞这个OpenERP的,也有不少开发群,但是在里面大部分都是讨论培训之类的,对于新人提出的问题不怎么理会。后来经过自己的摸索,看英文资料,终于有一些门道,写了一个自定义模块,并且按照成功,现在把我的步骤写出来,让有兴趣的新手在开始之初不至于那么痛苦(反正我是很痛苦,学习的最好方法是自己写一个模块测试,但是安装不了也就无法测试,一度绝望的要放弃,我能体会到这种心情……)方法如下:写 阅读全文
posted @ 2013-08-02 17:05 无聊之时 阅读(1886) 评论(4) 推荐(0) 编辑

使用Python获得网页中的链接

摘要: 这是一个很普通的问题,网上已经很多人在讨论了,因为最近想使用Python来做一些化学方面的工作,主要是网上的资料收集,所以难免也需要使用该功能来爬一些内容。 1 #coding=utf-8 2 from sgmllib import SGMLParser 3 import urllib 4 5 class ListParser(SGMLParser): 6 #def __init__(self): 7 # self.lister=[] 8 9 def reset(self):10 self.lister=[]11 ... 阅读全文
posted @ 2013-07-18 11:20 无聊之时 阅读(574) 评论(0) 推荐(0) 编辑

SDF文件格式

摘要: 维基百科上的介绍如下SDFFilename extension:.sd, .sdfInternet media type:chemical/x-mdl-sdfileType of format:chemical file formatSDF is one of a family of chemical-data file formats developed by MDL; it is intended especially for structural information. "SDF" stands for structure-data file, and SDF fi 阅读全文
posted @ 2013-07-18 10:09 无聊之时 阅读(3607) 评论(0) 推荐(0) 编辑

将标准的iupac name转化成化学结构

摘要: 结合上篇博文,下面我们写一小段测试代码,用于将标准的iupac name转化成化学结构这段代码使用到了ChemOffice中的ChemScript12模块。ChemScript12模块是一个商业模块,提供Python和.Net接口,在安装ChemOffice的时候选择安装ChemScript,同时安装Python25。 1 from ChemScript12 import * 2 3 name_file='./name.txt' 4 sdf_file='./sdf_file.sdf' 5 6 writer=SDFileWriter(sdf_file) 7 8 f 阅读全文
posted @ 2013-07-17 15:58 无聊之时 阅读(410) 评论(0) 推荐(0) 编辑

用于获取不同化学物质基本信息的一个类

摘要: 该类主要基于http://cactus.nci.nih.gov/chemical网站的,你可以利用已知的信息在该网站查询其他信息,比如你知道一个化合物的cas号,你可以在该网站查询到它的iupac name。该类中设置了超时时间为10秒,并简单的把一切不正常返回都提示为超时错误(如果需要,必须细致甄别不同类型的错误)。 1 # -*- coding: utf-8 -*- 2 import urllib2 3 import socket 4 5 #--------------------------------------------------------------------------. 阅读全文
posted @ 2013-07-17 15:49 无聊之时 阅读(501) 评论(0) 推荐(0) 编辑

hello world!

摘要: 本人Python初学者,准备用Python进行化学方面的工作,希望有所进步! 阅读全文
posted @ 2013-07-17 15:46 无聊之时 阅读(112) 评论(0) 推荐(0) 编辑