Ubuntu 上线虫模拟程序 OpenWorm 的安装、运行及源码查看

目录

• 安装 VMWare 虚拟机及 Ubuntu 系统
  • VMWare
  • Ubuntu
• 在 Ubuntu 上安装 Docker Engine
  • （test）在 Windows 上安装 Docker Desktop
• 获取 OpenWorm
  • 安装 Git
  • 获取 OpenWorm 终端
  • 运行或编译运行 OpenWorm
• 源码查看
• 附录
  • 与虚拟机的文件夹共享

安装 VMWare 虚拟机及 Ubuntu 系统

VMWare

在 此处 下载 VMWare Workstation Pro。可参照 B站up主 Micro_Frank 的视频教程 并安装。对于 Windows 系统，建议不要装在 C 盘。

Ubuntu

在 此处 下载 Ubuntu 桌面版，例如 Ubuntu 24.04.2 LTS 。你将得到一个 .iso 镜像文件，同样建议不要放于 C 盘。

请注意， OpenWorm 要求您的机器（或虚拟机）至少有 60 GB 的可用空间和至少 2GB 的 RAM 。建议在新建虚拟机时选择 100 GB 及以上的硬盘大小和 4096 MB 以上的内存。

可参照 B站up主 嘿黑哥 的视频教程 ，在 VMWare 上安装 Ubuntu 虚拟机。安装时选择“交互安装”，并建议选择附带安装额外的格式支持服务。

在 Ubuntu 上安装 Docker Engine

注意： Docker Destop（桌面版）与 Docekr Engine （引擎）不同，前者包含后者，前者在后者的基础上增加了桌面化窗口。二者不能同时安装及运行！否则会发生冲突。以下介绍后者的安装过程。

注意：许多错误可能都是由于权限不足所致。

1. 短暂获取 root 权限：在命令前加上 sudo 。
2. 直接以 root 身份运行终端： sudo su 。

参照 此处 （来自 Docker 官网，需要使用魔法），使用 apt 方法安装 Docker Engine。

# Add Docker's official GPG key:
sudo apt-get update
sudo apt-get install ca-certificates curl
sudo install -m 0755 -d /etc/apt/keyrings
sudo curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg -o /etc/apt/keyrings/docker.asc
sudo chmod a+r /etc/apt/keyrings/docker.asc

# Add the repository to Apt sources:
echo \
  "deb [arch=$(dpkg --print-architecture) signed-by=/etc/apt/keyrings/docker.asc] https://download.docker.com/linux/ubuntu \
  $(. /etc/os-release && echo "${UBUNTU_CODENAME:-$VERSION_CODENAME}") stable" | \
  sudo tee /etc/apt/sources.list.d/docker.list > /dev/null
sudo apt-get update

sudo apt-get install docker-ce docker-ce-cli containerd.io docker-buildx-plugin docker-compose-plugin

Docker Hub 已经被神秘的墙屏蔽（安装后进行 HelloWorld 测试发现无法连接即可能由于此原因，但此测试不通过貌似无影响），导致镜像无法获取，因此需要配置国内镜像源。

目前，国内已知的常规镜像源均已被屏蔽，请使用第三方镜像源，参见 此处 。

（注意：进行以下步骤前请先获取超级用户权限，即使用sudo su）

1. 创建目录：sudo mkdir -p /etc/docker。
2. 创建 "daemon.json" 文件并写入（参照以下格式）：

sudo tee /etc/docker/daemon.json <<-'EOF'
{
   "registry-mirrors": [
   	"https://可用镜像源1",
   "https://可用镜像源2",
   "https://可用镜像源3"
   ]
}
EOF

注意测试 Docker 是否正常工作：sudo systemctl status docker，需要保证其状态为 active 。

（test）在 Windows 上安装 Docker Desktop

在 Docker Desktop 的 Settings 页面修改 Docker Engine：

{
  "builder": {
    "gc": {
      "defaultKeepStorage": "20GB",
      "enabled": true
    }
  },
  "experimental": false,
  "registry-mirrors": [
    "https://可用镜像源1",
    "https://可用镜像源2",
    "https://可用镜像源3"
  ]
}

之后进行了蜜汁操作（也许是梯子开了全局，也许是等了一会然后 restart 了一下 Docker 引擎），总之就可以成功地拉取镜像了（无需梯子）。（在 Docker Desktop 查询并加载镜像信息需要梯子甚至可能要开全局，但由于加上了几条可用镜像源，在命令行窗口下载镜像时却不用梯子。）

注意：每次结束后再直接运行是没用的（否则会继续运行之前未完成的任务或不运行），要先./stop.sh后才能再次 run 。（ stop 之后 output 中的数据会保留）

获取 OpenWorm

参照 OpenWorm 的官方介绍。

安装 Git

命令：sudo apt install git

获取 OpenWorm 终端

命令：git clone http://github.com/openworm/openworm

运行或编译运行 OpenWorm

参照 YumNope 的知乎文章 。YumNope 的知乎文章

首先在终端 cd 到 OpenWorm 的目录下： cd openworm。

运行 OpenWorm 终端：./run.sh。或者可以指定模拟时间：./run.sh -d [time]，将 [time] 替换为时间（单位：毫秒）即可。终端会下载约 3GB 的镜像文件，下载完成后直接进行模拟。

• 表 1 运行时间参考

配置	模拟时间	运行时间	运行速度
个人电脑 ( 轻薄本，集显 )	4ms	1min	0.004spm
实验室 ( 4 张 4090 )	300s	1440min	0.208spm

你也可以选择先手动编译：./build.sh，如果跳过这一步直接 run 的话，它也会直接获取已经编译好的最新镜像，没有太大区别。（可能时间较长）

运行结束后，你会发现 openworm 目录里的 output 文件夹下多了一个文件夹，即此次模拟的成果。

参照 YumNope 的文章，每次输出结果包含以下内容：

• 一个原始视频
• 一个前缀为 cut_ 剪去开头黑场的视频
• 一个前缀为 speeded_ 以正常速度播放的视频
• 一些（96个）肌肉的活动图，钙离子浓度、活动性之类
• 名为 report 的文件（存放模拟的一些信息）

源码查看

1. 运行：./run-shell-only.sh。

2. 加载完成后，另开一个终端，输入：docker ps，记住 CONTAINER 的前 4 位。

3. 新建一个目录准备存放源码，在终端中 cd 到该目录，输入：docker cp xxxx:/home/ow ow，其中 xxxx 为上述 CONTAINER 的前 4 位值。

以上 3 个步骤完成后，源码已经存放到你设置的目录中。

附录

与虚拟机的文件夹共享

以 Windows 上通过 VMWare 安装的 Ubuntu 虚拟机为例。

1. 右键 VMWare 左侧你的主机名称，选择“设置”。
2. 打开“选项”界面，选中“共享文件夹”，改为“总是启用”。
3. 在 Windows 上新建一个文件夹作为预备的共享文件夹。
4. 选择“添加”共享文件夹，选中刚刚新建的文件夹，输入文件夹名。
5. 完成向导，设置完成，注意不要选择只读。

此后， Windows 上该文件夹的内容会同步出现在 Ubuntu 上 \mnt\hgfs\ 的对应文件夹中， Ubuntu 上对应文件夹的内容也会同步出现在 Windows 上，即实现了和虚拟机之间的文件夹共享。