AlphaFold2原理与使用

 1、度量准确性指标

 

1.1AlphaFold极大提高了蛋白质结构预测准确性

 

2. 原理及应用

2.1 论文介绍

 

2.2 原理

 

2.2.1 流程图

2.2.2 搜索同源序列和模版

 

2.2.3 特征构造

 

2.2.4 特征表示

2.2.5 残基对表示与MSA表示之间互相交换信息

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2.2.6 残基的抽象表示转换成具体的三维空间坐标

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2.2.7 计算Loss：Frame aligned point error(FAPE)

 

 

2.3 训练的5个模型

 

3. 安装与使用

3.1 安装教程

这里：AlphaFold2安装过程、在线服务器及使用体验

3.2 本地版与官方在线版区别

 

3.3 输入和输出文件

 

3.4 使用Chimera可视化pLDDT

3.5 通过Colab使用AlphaFold2

 

 

 

 

3.6 比较本地版、AlphaFold DB和Colab得到的预测结构

 

 

 

 

 

参考视频：