在 Windows 上下载和安装 PyMOL 可以通过以下几种方法：

安装方式如下：（分子对接软件）

方法一：直接从官网下载【免费30天，之后要收费】

1. 访问 PyMOL 官方网站：

• • 打开浏览器，访问 PyMOL 官方网站
  • 点击 "DOWNLOAD NOW" 按钮，选择适合你操作系统的安装包进行下载。

2. 安装 PyMOL：

• • 下载完成后，运行安装包并按照安装向导的指示进行安装。

 

方法二：通过预编译的 wheel 文件安装【开源版】

1. 安装 Python：

• • 访问 Python 官方网站：Python 官方网站
  • 下载并安装适合你操作系统的 Python 版本。

2. 安装依赖库：

• • 打开命令提示符（CMD），输入以下命令安装必要的依赖库：
    

    python -m pip install numpy
    python -m pip install pmw
    python -m pip install pyqt5

 

3. 下载 PyMOL 的 wheel 文件：

• • 根据你的 Python 版本和操作系统位数，从以下链接下载对应的 PyMOL 安装包：
  • PyMOL 安装包下载
  • 例如，如果你使用的是 Python 3.12 和 Windows 64 位系统，可以下载 pymol_launcher-2.6-cp312-cp312-win_amd64.whl 和 pymol-2.6.0a0-cp312-cp312-win_amd64.whl。

4. 安装 PyMOL：

• • 将下载的安装包放在一个目录中，例如 D:\YourName\test。
  • 在命令提示符中切换到该目录：
    

    进入 D:\YourName\test

 

• • 安装 PyMOL 启动器：
    

    python -m pip install --no-index --find-links="%CD%" pymol_launcher-2.6-cp312-cp312-win_amd64.whl

• • --no-index：告诉 pip 不要从 PyPI 下载包
  • --find-links="%CD%"：告诉 pip 在当前目录中查找安装包
  • pymol_launcher-2.6-cp312-cp312-win_amd64.whl：指定要安装的本地 .whl 文件

• • 安装 PyMOL 主程序：
    

    python -m pip install --upgrade --no-deps pymol-2.6.0a0-cp312-cp312-win_amd64.whl

• • --no-deps：表示不安装依赖包。如果你已经安装了所有依赖包，可以使用这个选项
  • --upgrade：表示升级指定的包到最新版本

5. 运行 PyMOL：

• • 在命令提示符中输入以下命令运行 PyMOL：
    

    where.exe pymol
    pymol

6. 找到pymol.exe所在的文件夹，将该执行文件添加到桌面快捷方式，一般在\python\Scripts文件夹中
  

 

方法三：使用 Anaconda 安装【开源版】

1. 安装 Anaconda：

• • 访问 Anaconda 官方网站：Anaconda 官方网站
  • 下载并安装适合你操作系统的 Anaconda 版本。

2. 安装 PyMOL：

• • 打开 Anaconda Prompt。
  • 输入以下命令创建一个新的 Conda 环境并安装 PyMOL：
    

    conda create -n pymol python=3.8 -y
    conda activate pymol
    conda install -c conda-forge pymol-open-source

 

3. 运行 PyMOL：

• • 在 Anaconda Prompt 中输入以下命令：
    

    pymol