遇见,夏

摘要： 最近刚开始学习amber软件，看网上的教程勉强知道怎么操作这个amber了。就暂时跑了个分子动力学，其他的啥也没处理。先把我的操作过程记录下来吧，免得日后忘记。其实和其他的分子动力学软件的操作大同小异，主要都是构建结构和力场输入文件的时候麻烦。我这里使用的是Linux系统的amber18版本的软件， 阅读全文

摘要： matlab中subplot(m,n,p)可以在一个figure中画m×n个子图，p可以指定子图的位置，一般情况下p为单个数字，p为向量时可以合并多个子图为一个子图。 >> subplot(2,2,[1,2])>> subplot(2,2,3)>> subplot(2,2,4) 同理，要合并其他子图 阅读全文

摘要： Matlab取整函数有: fix, floor, ceil, round.取整函数在编程时有很大用处。 一、取整函数 1.向零取整(截尾取整) fix-向零取整（Round towards zero）； >> fix(3.6) ans = 3 2.向负无穷取整(不超过x 的最大整数-高斯取整) fl 阅读全文

摘要： 最近又把老师的那篇文章给看了一下，总算是大体明白了讲的什么。看英文文献真的是太难受了，英语四级要考5、6次的人表示强烈的不满。 唉，不过也还好了，只要静下心来就能看下来，但是一个问题是很难静下心来。绝了。 大概写一下那篇文献的大概内容吧： 这篇文章主要是利用NEMD方法，测试了两种不同的恒温器对热导 阅读全文

摘要： 这段时间，老师叫我用gromacs算一下一个结构的自由能。没办法，又开始重拾我一年前使用gromacs的记忆。 去年国庆的时候，服务器宕机了，重装了系统。请工程师安装了一些日常用的软件，但貌似当时没帮我们安装上gromacs。再次没办法，只能自己安装一下了。之前服务器崩溃了貌似就是因为老师安装了某个 阅读全文

摘要： rhel系统貌似安装不了xmgrace，配置的时候居然说要那个M*tif库。百度了一下，需要openmotif库，然后用root账户想要用yum安装一下这个库，搞了好久没搞懂。后面搞明白了，原因竟是因为所需要的库不支持rhel，枉我之前搞了这么久没安装好。不过也还好，安装这个破软件的过程让我更进一步 阅读全文

摘要： https://www.cnblogs.com/hafiz/p/9276689.html 阅读全文

摘要： 研究生期间用到的软件有lammps、gromacs、gulp、gpumd、vmd、matlab、ms 阅读全文