随笔分类 -  Biopython

从nucleotide数据库中提取给定id的序列
摘要:1,返回Fasta类型结果: 2,返回XML格式结果: 阅读全文
posted @ 2019-10-20 10:51 §瀟瀟§☺ 阅读(179) 评论(0) 推荐(0)
Entrez--从gene中查找相关信息
摘要:结果: 1956 epidermal growth factor receptor The protein encoded by this gene is a transmembrane glycoprotein that is a member of the protein kinase supe 阅读全文
posted @ 2019-10-20 10:36 §瀟瀟§☺ 阅读(242) 评论(0) 推荐(0)
Biopython中Entrez模块--从pubmed中查找相关文献, 所有返回的结果用Entrez.read()解析
摘要:Entrez是一个搜索引擎,国家生物技术信息中心(NCBI)网站集成了 几个健康科学的数据库,如:如“科学文献,DNA和蛋白质序列数据库, 蛋白质三维结构,蛋白质结构域的数据,表达数据,基因组完整拼接本等。 Entrez的编程工具”(eUtils):通过它把搜索的结果返回到自己编写的程序里面, 需要 阅读全文
posted @ 2019-10-20 10:23 §瀟瀟§☺ 阅读(1249) 评论(0) 推荐(0)
Biopython的安装
摘要:使用pip安装, 打开cmd,切换路径,输入命令: pip install Biopython 提示更新了pip,命令: python - m pip install --upgrade pip 提示了出错几次,期间百度了一下有推荐换命令的,跟着试了下还是不行,后来看说是连接不到服务器,最后还是用的 阅读全文
posted @ 2019-10-19 15:40 §瀟瀟§☺ 阅读(405) 评论(0) 推荐(0)