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2026年8月7日
多样本空间转录组 Harmony 整合与标签转移指南
摘要: 本文的代码来自Seurat官方网站的空转教程。主要的两个部分是: Harmony 批次校正:校正多个空间切片之间的技术差异,用校正后的低维空间进行邻居构建、聚类和 UMAP 展示。 单细胞标签转移:以带细胞类型注释的 scRNA-seq 数据为参考,为每个空间 spot 计算各细胞类型的预测分数。
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posted @ 2026-08-07 11:42 生信星球
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2026年8月6日
单细胞与空间转录组的跨模态标签转移
摘要: 本文代码来自Seurat官方网站。介绍单样本空转数据的标签转移。 rm(list = ls()) library(tidyverse) library(Seurat) library(SeuratData) cortex = readRDS("cortex.rds") 这是小鼠皮层细胞的高质量参考数
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posted @ 2026-08-06 15:26 生信星球
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空间转录组常规分析(大白话教程)
摘要: 本文的代码来自Seurat官方网站的空转教程。 1.R包和数据准备 rm(list = ls()) library(Seurat) library(SeuratData) library(ggplot2) library(patchwork) library(dplyr) 数据来自10X官方网站,也
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posted @ 2026-08-06 10:02 生信星球
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