摘要：
rvest、reticulate包以及radian包 This simple mechanism allow R and Python exchange relatively complex data structures with ease.将复杂的数据结构化繁为简。 数据结构里所有对象的继承和传 阅读全文
posted @ 2019-03-13 13:24
becky_gogogo
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摘要：
· Hypergeometric 超几何检验，是适应于类似单细胞数据中的高纬度数据的相似性相关性检验，更多的找出高表达与不表达基因之间的差异。亦可以用于ratio的值。 · Kruskal-Wallis rank sum test 是大于三组的时候使用的秩和检验，类似参数检验中的anova，同样其中 阅读全文
posted @ 2019-03-11 22:38
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摘要：
基于前人的研究，我们已经总结出非常多的二代测序基因定量的方法。 gene-level：DESeq2、TMM、edgeR、limma、etc。但是转录本定量在目前二代测序的短reads上是很难实现的。 isoform level：DRIMseq、Salmon、Stringtie、Cufflinks、 阅读全文
posted @ 2019-03-11 21:43
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摘要：
首先拿到二代测序下机数据fastq，STAR软件比对之后我们提取junction counts的文件信息。利用R统计语言中的multiple merge将所有样本的junction counts整合到一个表里面。 下面是自己开发R流程，DSU（目前是bulk数据和singlecell的数据都适用，本 阅读全文
posted @ 2019-03-11 17:43
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摘要：
全套R代码复刻： WGCNA installsource("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite(c("AnnotationDbi", "impute","GO.db", "preprocessCore"))install.packages(c( 阅读全文
posted @ 2019-03-11 17:39
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摘要：
清华生物信息学 1MOE Key Laboratory of Bioinformatics, Bioinformatics Division TNLIST / Department of Automation, Tsinghua university 实验室17年4月的在核酸研究上的文章，开发了sh 阅读全文
posted @ 2019-03-11 16:40
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摘要：
Method One: library(GenomicRanges) library(GenomicFeatures)library(annotatr)makeTxDbFromGFFtxdb <- annotatr::makeTxDbFromGFF(gff_file, format="gtf") G 阅读全文
posted @ 2019-03-11 15:19
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摘要：
生物医学中常见的问题： how we know the tissue specific cell type？ how we know the exactly cell type from a bunch of bulk data？ basic analysis flow： the basic pri 阅读全文
posted @ 2018-10-25 13:46
becky_gogogo
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摘要：
《Chromatin state dynamics during blood formation》 By David Lara-Astiaso, Assaf Weiner, Erika Lorenzo-Vivas, Irina Zaretsky, Diego Adhemar Jaitin, Eyal 阅读全文
posted @ 2018-10-25 13:06
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摘要：
《A paired-end sequencing strategy to map the complex landscape of transcription initiation》 《Tissue-Specific and Ubiquitous Expression Patterns from A 阅读全文
posted @ 2018-08-09 12:05
becky_gogogo
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