生物信息及开发常用的Linux命令

1.ls 查看当前目录下有哪些文件或目录；

  相关参数：-al 将隐藏文件(.开头的文件)也显示出来

                 -lh 显示当前目录下的所有文件和目录及其大小

                 -l   详细显示当前目录下的所有文件和目录，还有三种权限关系

如图所示，d 表示目录；- 表示文件 ，后面每三个字母为一组，分别表示文件或目录所有者拥有的权限，文件或目录所有者同组成员所拥有的权限，其他人的权限。r:可读(可用数字4表示)，x:可执行(1)，w:可写(2)；可读即可以看，可以复制，可写则可以改变，可执行则可以运行等操作；

ps：用chmod可以改变权限，如：chmod 755 1.txt  >>  将文件1.txt改为文件所有者可读可写可执行，同组成员可读可执行，其他人可读可执行。

2.qsub提交作业:

qsub -cwd -V -l h_vmem=30G -q meta.q -pe smp 8 qsub.sh;     注意qsub.sh里面必须是可执行的命令脚本。 

ps：通过qdel ID 终止进程；qstat 查看当前用户提交的任务执行情况；qstat -u "*"查看所有节点任务执行情况

3.nohu 命令 &，后台提交命令到后台执行，不会因为服务器问题而使得命令运行中断，但是有个问题就是无法通过kill 进程号杀死，只能通过pkill -u 用户名    终止此用户所有进程

4.vim替换命令： 替换所有行的内容：      :%s/from/to/g

5.tomcat 查看日志：

[root@localhost tomcat]# tail -f logs/catalina.out              

6.网络端口命令：

netstat -antp|grep svn    ：查看svn端口

svnserve -d -r /usr/local/svnReposity/shareWX  启动svn

vim配置文件：https://www.cnblogs.com/zl-graduate/p/5901090.html