R语言学习笔记-单一决策树
决策树比较简单明晰，但存在不稳定的风险，数据的微小变化会导致最佳决策树结构的巨大变化，且决策树可能会变得比较复杂。
其算法原理参见https://zhuanlan.zhihu.com/p/148010749。笔记中主要以R语言中iris数据集描述实现步骤。
data("iris")
#导入iris数据集
set.seed(1926) #设置种子，便于复现操作结果 +1S
之后需要将数据分为两部分，训练集与测试集，可以用多种写法实现。这些写法的本质上都是sample函数
方法一：
train.data <-sample(nrow(iris),0.7*nrow(iris),replace = F) train <-iris[train.data,] test <-iris[-train.data,]
写法二：
formula <- sample(2, nrow(iris),
replace=TRUE,
prob=c(0.7, 0.3)
)
train <- iris[formula==1,]
test <- iris[formula==2,]
写法三：
smple.size <- floor(0.7*nrow(data)) ) train.ind <- sample(seq_len(nrow(data)), smple.size) train <- data[train.ind, ] test <- data[-train.ind, ]
写法四：
rank_num <- sample(1:150,105) train <- iris[rank_num,] test <- iris[-rank_num,]
接下来进行单一决策树分析，常用的包有tree,rpart,party等。
package "party"
library(party) mdna.tree <- ctree(Species ~ Sepal.Length+Sepal.Width+Petal.Length+Petal.Width, data = train) mdna.tree #可以看看具体的分析 plot(mdna.tree, type = "simple",main = "mdna的简单决策树") #也可以自己画图，上面的是简单树装图 plot(mdna.tree,main = "mdna的全决策树") #全面树状图
Conditional inference tree with 4 terminal nodes
Response: Species
Inputs: Sepal.Length, Sepal.Width, Petal.Length, Petal.Width
Number of observations: 105
1) Petal.Length <= 1.9; criterion = 1, statistic = 98.207
2)* weights = 35
1) Petal.Length > 1.9
3) Petal.Width <= 1.7; criterion = 1, statistic = 50.335
4) Petal.Length <= 4.6; criterion = 0.984, statistic = 8.319
5)* weights = 33
4) Petal.Length > 4.6
6)* weights = 8
3) Petal.Width > 1.7
7)* weights = 29
package "rpart"
library('rpart')
library('rpart.plot')
model.2<- rpart(formula =Species~.,data=train ,method='class')
model.2
rpart.plot(model.2)
n= 105 node), split, n, loss, yval, (yprob) * denotes terminal node 1) root 105 67 versicolor (0.33333333 0.36190476 0.30476190) 2) Petal.Length< 2.6 35 0 setosa (1.00000000 0.00000000 0.00000000) * 3) Petal.Length>=2.6 70 32 versicolor (0.00000000 0.54285714 0.45714286) 6) Petal.Width< 1.75 41 3 versicolor (0.00000000 0.92682927 0.07317073) * 7) Petal.Width>=1.75 29 0 virginica (0.00000000 0.00000000 1.00000000) *
rpart包提供了复杂度损失修剪的修剪方法，printcp会告诉分裂到每一层，cp是多少，平均相对误差是多少
printcp(model.2)
Classification tree:
rpart(formula = Species ~ ., data = train, method = "class")
Variables actually used in tree construction:
[1] Petal.Length Petal.Width
Root node error: 67/105 = 0.6381
n= 105
CP nsplit rel error xerror xstd
1 0.52239 0 1.000000 1.268657 0.060056
2 0.43284 1 0.477612 0.582090 0.073898
3 0.01000 2 0.044776 0.074627 0.032570
#一般使用1-SE法则选出最优cp值:找到xerror最小的行，得到误差阈值为该行的xerror+xstd
##找到所有xerror小于这个阈值的行，取其中最大值的上限为prune的阈值
###根据我们的结果，来看最小的交叉验证误差为0.074，刚好是最后一个节点，不需要剪枝
####需要剪枝的案例https://danzhuibing.github.io/r_decision_tree.html
剪枝的代码# model.prune <- prune(cfit, cp=0.03)
#cp值为示例
换个颜色
rpart.plot(model.2, box.col=c("pink", "purple","lightblue"))
这个图也可以用DMwR绘制
library(DMwR) prettyTree(model.2,main='tree of mdna with DMwR')
package 'tree'
library(tree)
model.3<- tree(Species ~ Sepal.Width +
Sepal.Length +
Petal.Length +
Petal.Width,
data = iris
)
summary(model.3)
plot(model.3)
text(model.3)
结果：
Classification tree: tree(formula = Species ~ Sepal.Width + Sepal.Length + Petal.Length + Petal.Width, data = iris) Variables actually used in tree construction: [1] "Petal.Length" "Petal.Width" "Sepal.Length" Number of terminal nodes: 6 Residual mean deviance: 0.1253 = 18.05 / 144 Misclassification error rate: 0.02667 = 4 / 150
最后使用测试集进行检验，一般使用predict函数
predict <- predict(model.2,newdata=test,type='class') result.2<-table(test$Species,predict) sum(diag(result.2))/sum(result.2)
结果是
[1] 0.9333333
即93.3%的准确率
这个矩阵的样子如下，对角线上的值代表预测正确的值，用对角线除以总数，就可以得到正确率了。
table(test$Species,predict)
predict
setosa versicolor virginica
setosa 15 0 0
versicolor 0 11 1
virginica 0 2 16
【一般用不到】如果列名不正常，可以使用如下代码apply每行的列名为最大值对应列名
a <- predict(model.2,newdata=test,type='class'）
b <- apply(a, 1, function(t) colnames(a)[which.max(t)])
浙公网安备 33010602011771号