当Pythoneer遇到R：通过Mamba管理项目环境

背景

写Python的同僚，有Conda管理环境的习惯，偶然需要用到R相关的环境，还不想单独去下R软件，没弄明白R的第三方库的安装方式，这里提供一种较为能被人接受的解决方案，使用Mamba来安装R相关的环境。

整体思路

先创建一个仅包含Mamba的Conda环境，再创建一个项目环境，即包含Python又包含R，使用Mamba环境来向项目环境中安装R相关的库，Python相关的内容依旧使用pip等方式安装。

操作流程

0. （可选）只使用conda-forge通道，开启严格优先级

# 把 conda-forge 设为唯一通道并开启 strict 优先级，可减少依赖冲突
conda config --add channels conda-forge
conda config --set channel_priority strict

1. 创建一个只包含mamba的“工具环境”，激活该环境

# 用 conda 创建 mamba-env，并安装 mamba
conda create -n mamba-env -c conda-forge mamba -y
conda activate mamba-env

印象中踩过这样的坑，因为Mamba环境中安装的内容过多，导致查询依赖时需要的时间比较长，因此干脆弄一个环境只有mamba的空环境。

2. 用mamba创建同时包含Python和R的目标环境，版本可按需更改

mamba create -n  env_name -c conda-forge python=3.11 r-base=4.3 r-essentials 

或者使用yaml

# environment.yml
name: env_name
channels:
  - conda-forge
dependencies:
  - python=3.11
  - r-base=4.3
  - r-essentials

mamba env create -f environment.yml

3. 在mamba环境中向项目环境安装R包

# 把需要的 R 包装进 precise-drug 环境
mamba install -n env_name -c conda-forge r-rxode2 r-dplyr r-ggplot2 r-lubridate

如果某个R包你不确定名字，可以先search然后再根据结果安装

# 仍在 mamba-env 环境中
mamba search -c conda-forge r-posologyr

如果发现conda-forge中没有这个包，可以尝试从CRAN中安装

conda run -n env_name --no-capture-output R -e \
"install.packages('...')"

4. Python环境
   Python的相关内容就正常安装即可，不过多赘述。