linux_shell使用

一、hash命令

　　说明：linux系统下会有一个hash表，当你刚开机时这个hash表为空，每当你执行过一条命令时，hash表会记录下这条命令的路径，就相当于缓存一样。第一次执行命令shell解释器默认的会从PATH路径下寻找该命令的路径，当你第二次使用该命令时，shell解释器首先会查看hash表，没有该命令才会去PATH路径下寻找：

　　hits表示最近输入的该命令的次数

　　参数：

hash -l #参数-l 既可以看到hash表命令的路径，也可以看到它的名字，结果如下
#builtin hash -p /bin/rm rm
#builtin hash -p /usr/bin/wget wget
#builtin hash -p /usr/bin/awk awk
#builtin hash -p /usr/bin/man man

hash -p #
hash -p /usr/bin/grep grep#将grep 添加到hash表中

hash -r #清空hash表

hash -d grep#清除hash表中的grep记录

 

二、shell多行注释

<< COMMENT
注释行1
注释行2
...
注释行n
COMMENT

if [ ! -d temp ]
then
        mkdir temp
fi

>temp/exon_all.fa
>exon_all.fa

<< Comment
#step1：读取exon_bed的每一行，每一行相当于一个circRNA，将每一行值付给相应变量
#step2：生成过程文件：chrom_start_end_bed记录了exon_bed的每一行信息
#step3：bedtools intersect获取all_exon_from_gtf文件和chrom_start_end_bed交集
#step4：bed_over.py对step3产生的交集chrom_start_end_over_lap.bed文件中的overlap行选取最大外显子区间
#step5：使用bedtools getfasta获取chrom_start_end_over_lap_bed文件对应的fa序列，即完成对exon_bed文件一行的序列提取工作
#step6：进行合并序列操作，先将exon_bed中的>header写入chrom_start_end.fa
#step7：将bedtools getfasta获取的exon序列去掉>行后再去掉换行符，并追加到step6对应的chrom_start_end.fa中
#setp8：最后合并exon_bed文件每一行对应的fa序列，生成exon_all.fa序列文件
Comment

 

三、crontab

　/etc/cron.deny 表示不能使用crontab 命令的用户。

　/etc/cron.allow 表示能使用crontab的用户。

　如果两个文件同时存在，那么/etc/cron.allow 优先。如果两个文件都不存在，那么只有超级用户可以安排作业。

　每个用户都会生成一个自己的crontab 文件。这些文件在/var/spool/cron/crontabs/$USER，查看这个文件内容，和crontab -l结果一致

　如果crontab不重定向输出，并且crontab所执行的命令有输出内容的话，是一件非常危险的事情。因为该输出内容会以邮件的形式发送给用户，内容存储在邮件文件/var/spool/mail/$user

crontab -e
0 22 * * 2,4,0 python crap.py > zhcw.csv

 

四、linux下解压.rar文件

sudo apt-get install unrar
unrar x cell_pic.rar pic/

 

五、vim编辑文件，换行后行首总有双引号

　试试:set paste

 

六、大文件获取行数

time awk 'END{print NR}' InputFile

 　自己做的测试：12G文件，time用了10.5s(但是time wc -l 用了3.5s，怎么回事？)