修改 MrBayes 3.2 源码解决不能恢复断点的问题

　　当数据量较大时，用MrBayes进行计算通常是旷日持久的事情，几天甚至几个月。中间如果断电死机什么的发生就很令人发狂了。于是 MrBayes 3.2 svn 版增加了一个断点保存的功能，死机后可以从保存的断点处继续计算。只要在mcmc命令中加入checkfreq=n (n为保存断点间隔的代数）参数即可保存断点；下次从断点继续运算时，在mcmc  命令中加入append=yes参数即可. 

　　碰巧的是，前些天不知道谁把我用来计算的那台服务器的电源碰掉了，我那已经算了20多天的任务啊.....! 　想砍人之余又庆幸事前曾经设置了断点保存。可是当我在mcmc  命令中加入append=yes参数以恢复运算时，不幸的事还是发生了，MrBayes报错并停止：A maximum of 2000 characters is allowed on a single line, The longest line of the file  xxx contains at least one line with 58000 characters.   当时就有欲哭无泪的感觉啊。稍稍平复一下心情，决定还是从程序的源代码查起吧，希望不是一个与算法有关的大bug(小修小改能搞定，跟算法有关的话短时间就没办法搞了)！拿出错消息grep一下所有的源文件，发现问题在这里： 

trunk/src/command.c-3211-    /* find length of longest line */
trunk/src/command.c-3212-    longestLineLength = LongestLine (fp);
trunk/src/command.c-3213-    MrBayesPrint ("%s   Longest line length = %d\n", spacer, longestLineLength);
trunk/src/command.c-3214-    longestLineLength += 50;
trunk/src/command.c-3215-    
trunk/src/command.c:3216:    /* check that longest line is not longer than CMD_STRING_LENGTH */
trunk/src/command.c:3217:    if (longestLineLength >= CMD_STRING_LENGTH - 100)
trunk/src/command.c-3218-        {
trunk/src/command.c:3219:        MrBayesPrint ("%s   A maximum of %d characters is allowed on a single line\n", spacer, CMD_STRING_LENGTH - 100);
trunk/src/command.c-3220-        MrBayesPrint ("%s   in a file. The longest line of the file %s\n", spacer, inputFileName);
trunk/src/command.c-3221-        MrBayesPrint ("%s   contains at least one line with %d characters.\n", spacer, longestLineLength);
trunk/src/command.c-3222-        nErrors++;
trunk/src/command.c-3223-        }
trunk/src/command.c-3224-#    if defined (MPI_ENABLED)

 

　　原来最长行的字符数被 CMD_STRING_LENGTH 所限制。grep搜CMD_STRING_LENGTH，在mb.h中找到：

trunk/src/mb.h-250-#define OMEGA_MAX 		1000000.0f
trunk/src/mb.h-251-
trunk/src/mb.h-252-#define POS_INFINITY 	1E25f;
trunk/src/mb.h-253-#define NEG_INFINITY		-1000000.0f
trunk/src/mb.h-254-
trunk/src/mb.h:255:#define CMD_STRING_LENGTH	200000
trunk/src/mb.h-256-

 

　　原来 CMD_STRING_LENGTH 被限制到了20000，该值已经大大不能符合我的数据要求了。于是操刀将其放大10倍，改为200000。重新编译MrBayes, 再次从断点处回复执行, OK，熟悉的计算过程又回来了。20多天的计算总算没白费。