修改POY源码使其能直接读入一致树(consensus tree)

　　Poy在生成一致树时，会在文件开始处写入一串字符串(比如: Strict Consensus Tree)，如果要用read命令将一致树调入内存则会失败，必须手动去除开始处的字符串，才能用read读入一致树。这导致一些关于一致树的计算很不方便，不能在一个Session中完成。比如计算一致树的bremer支持值，先要搜索出一致树，然后手动修改一致树，最后计算一致树的bremer支持值；这个过程需要停下来人工干预修改一致树，导致计算过程不能全自动一次完成。解决的方法就是修改POY源码，让它在用report命令报告一致树时不要写入第一行的字符串（为了明确一致树的意义，你可以把字符串用作一致树的文件名)，这样在以后的计算过程中就可以直接通过read命令读入一致树并进行后续的bremer支持值计算了。

　　只需修改一个源文件treeSearch.ml，改动地方如下:

$ svn diff treeSearch.ml

 Index: treeSearch.ml

===================================================================

--- treeSearch.ml    (版本 193)

+++ treeSearch.ml    (工作副本)

@@ -804,9 +804,9 @@

         in

         let fo = Status.Output (filename, false, []) in

         if not graphic then begin

-            Status.user_message fo "@[<v>";

+            (*Status.user_message fo "@[<v>";

             Status.user_message fo 

-            ("@[" ^ majority_text ^ "@ Majority@ Consensus Tree@]@,@[");

+            ("@[" ^ majority_text ^ "@ Majority@ Consensus Tree@]@,@["); *)

             Status.user_message fo (AsciiTree.for_formatter false true false 

             res);

             Status.user_message fo "@]@]\n%!";

 

 

　　希望读者看得懂上面的diff结果。看不懂也没关系，实际内容就是修改treeSearch.ml，在807行前加入 (* ,在809行后加入 *)，意思就是将这三行注释掉。实际修改时要注意您的源代码的版本，我的版本是从svn库中取出的build 193。如果版本不一样，要修改的行数可能有偏移。