Ada's Corner

摘要： 斐波那契数列 费波那契数列 由0和1开始，之后的费波那契系数就是由之前的两数相加而得出。 首几个费波那契系数是： 0, 1, 1, 2, 3, 5, 8, 13, 21, 34, 55, 89, 144, 233…… 起源于 Leonardo Fibonacci 描述兔子生长的数目时用上了这数列，假 阅读全文

摘要： Rosalind is a platform for learning bioinformatics and programming through problem solving. http://rosalind.info/problems/list view/ DNA：Counting DNA 阅读全文

摘要： , 和 的简单比较 在R中，初次了解学习data.frame时，你会发现，为构造一个列向量，你需要多次重复输入数据框的名称，如下所示： 附： TEXT with(data, expr, ...) Evaluate an R expression in an environment construct 阅读全文

摘要： " Salmon 概述 " 该软件采用新的双阶段（dual phase）统计推断程序，以及针对每个样本存在sequence specific, fragment GC content, 和 positional biases而应用的sample specific bias models。 该软件由三 阅读全文

摘要： Per tile sequence quality Position specific failures of flowcells 介绍 当Per tile sequence quality显示fail或者warning，表明测序的lane或某个run中出现出现了部分故障，从而影响一些特定的区域和循 阅读全文

摘要： stranded 和 non stranded RNA seq 的表达谱分析和基因overlap研究的比较 原文链接： "Comparison of stranded and non stranded RNA seq transcriptome profiling and investigation 阅读全文

摘要： "FASTQ format" 每个FASTQ文件中每个序列通常有四行信息： 1： 以 '@' 字符开头，后面紧接着的是序列标识符和可选字段的描述(类似FASTA title line). 2： 序列 3： 以 '+' 字符开头， 后面紧接着的是可选字段的描述性信息 4： 第二行序列的质量信息 Ill 阅读全文

摘要： StringTie 参考链接：https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual input 参数简介 StringTie的基本用法 ： 其中， 是输入文件，该输入文件要求必须按其基因组位置排序，如TopHat的输出文件 可直接当做 阅读全文

摘要： "Dana Pe'er Lab of Computational Systems Biology" "Dana Pe'er" 是哥伦比亚大学生物科学系的副教授，被认为是计算系统生物学的主要研究人员之一。Dana Pe'er的研究重点是理解分子网络的组织，功能和进化，特别关注的是遗传变异如何改变调控网 阅读全文

摘要： 与 的比较 Python列表具有内置的 方法，可以原位修改列表。 python的内置函数 则可将一个可迭代对象(iterable)构建成一个新的排序列表。 通常较多的使用 ，但是如果用户不需要原始列表，那么则可以考虑使用 ，因为它的效率稍微高于 。 iterable主要包括3类： 第一类是所有的序列 阅读全文