03 2021 档案

从零开始的生物信息分析
摘要:之前有公众号朋友问生物信息分析怎么从零开始,后来也没有怎么细说,不知道这位朋友是不是已经弃坑。 先关注公众号吧,我会在里面及时回答问题的。 闲话不多说,开始吧。 首先,你的基础是什么,不要说你不知道DNA是什么,RNA是什么,那对不起,请复习完高中生物知识后再来吧 所以,这里要说明的零基础,是你的中 阅读全文

posted @ 2021-03-25 11:27 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(442) 评论(0) 推荐(0)

重测序-gatk4-I am unable to use VQSR (recalibration) to filter variants
摘要:https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360037499012-I-am-unable-to-use-VQSR-recalibration-to-filter-variants 阅读全文

posted @ 2021-03-15 18:16 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(106) 评论(0) 推荐(0)

比较基因组学-比对和建树
摘要:makeblastdb -in ref.fa -dbtype prot blastp -query -db -outfmt 6 -evalue 1e-10 -num_threads 16 -out muscle -in mafft --maxiterate 1000 --thread 200 --l 阅读全文

posted @ 2021-03-14 13:38 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(440) 评论(0) 推荐(0)

重测序-PCA
摘要:1. conda安装软件。 2. 运算脚本。 plink --vcf file.vcf --make-bed --out snp --chr-set no-xy gcta64 --bfile snp --make-grm --autosome --out tmp gcta64 --grm tmp - 阅读全文

posted @ 2021-03-05 15:59 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(257) 评论(0) 推荐(0)

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