重测序-PCA

1. conda安装软件。

2. 运算脚本。

plink --vcf file.vcf --make-bed --out snp --chr-set no-xy

gcta64 --bfile snp --make-grm --autosome --out tmp

gcta64 --grm tmp --pca --out pcatmp

for i in {1..9};do admixture --cv snp.bed $i |tee log$i.out;done # structure 脚本

3. 画图。