多序列比对-muscle & trimal

2021年了，从零开始几个字可以去掉了，做了很多次服务器搭建，其实能够叫零的之前已经是讲完了。

其实应该做一个总结，但是没有时间，后面再说吧。

 

 

本文也没有什么内容，因为很简单：

首先， conda install orthofinder # 安装muscle iqtree

然后：

git clone https://github.com/scapella/trimal.git # 安装trimal

cd trimal/source

make

mkdir $Ypip/bin

cp trimal $Ypip/bin

export PATH=$Ypip/bin:$PATH # 配置环境

$ trimal -in cds.fa.muscle -out cds.fa.muscle.trimal -automated1

瞅了一眼睡莲的参数，用的自动的。

abyss fa2phy cds.fa.muscle.trimal > cds.fa.muscle.trimal.phy 

改一下格式

iqtree -s cds.fa.muscle.trimal.phy.uniq.fa.phy

iqtree -s *  -m MFP -bb 1000  -bnni  -nt AUTO  -cmax 15  -redo

以上，详细的版本见公众号吧，春节后的。