生信分析 - 常用命令 - 持续更新
有的命令玩着玩着又忘了,好悲哀。
(都是Linux的东西,如果不会linux的话,可以移步虚拟机安装那篇,链接就不做了,要是这点手都不动的话,估计装了虚拟机也会没有下一步了,公众号swxxxt有编程学习内容)。
001. SRA数据下载:
准备ID:
/vol1/srr/SRR672/005/SRR6728405 分别为 * * SRR号头/SRR号最后一位/SRR号
下载:
ascp -v -QT -l 400m -P33001 -k1 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --mode recv --host fasp.sra.ebi.ac.uk --user era-fasp --file-list ID ./
*注:ascp是默认下载到home的
拆分reads(当然,你要是不给原始文件,它会去找资源给你下载的,是不是很智能?智能才怪,前面的reads白下了,如果网速慢的话,还是先下载SRA格式吧,至于解压快还是直接下载快,并不清楚,因为今天的网速还可以,反正怎样都吃IO和CPU):
fastq-dump --split-3 SRR* 拆分为三个fastq文件(其他参数不表)
for i in `ls SRR67* | grep -v fastq` ; do echo "fastq-dump --split-3 $i & "
posted on 2019-10-17 09:07 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(248) 评论(0) 编辑 收藏 举报