随笔分类 -  生物信息软件

摘要：近期博客更新在https://abysw.github.io 简要内容总结如下： orthofinder打开文件数上限 【问题】打开文件数上限过少【报错】ERROR: The system limits on the number of files a process can open is too 阅读全文

摘要：本文默认读者有一定的生信基础，没有基础的可以阅读以前的笔记内容。 conda install perl-bioperl conda update conda conda install -n maker maker=2.31.11 -y 然后就安装好了。 后面的具体流程我继续往下讲。 后面的坑不用看 阅读全文

摘要：其实以前也遇到过这个问题，后来忘了。 本来我安装好了R。 最近由于分析需要安装了Trinity。 然后R不见了，也不是不见了，是R被Trinity替换成他的了 ../opt/trinity-2.1.1/util/R 当然，印象中这样的话R是完全不能用的，只能重新安装。 但是，安装似乎很困难，因为卸载 阅读全文

摘要：2021年最后一个月了，里了无数flag，最后还是一事无成。 割 都2022年了，没时间伤感，还想和2021年一样吗？ cut CCS数据组装： 1. 安装组装软件 conda install -c bioconda hifiasm 2. 数据格式转换 samtools fastq *.bam *. 阅读全文

摘要：我这里用的是brew安装的（为什么没用另一种办法，因为没走通）。 首先，下载原始文件，https://github.com/Homebrew/brew.git 由于网络问题，我下载的是zip文件，下载后解压。 unzip brew-master.zip 解压完成后，配置环境（注意：brew要求使用用 阅读全文