今天呢，主要记录的是如何用galaxy生物信息分析平台上的circos工具做可视化。参考文献如下：

[1] https://academic.oup.com/gigascience/article/9/6/giaa065/5856406

首先我们要进入galaxy的线上平台 https://usegalaxy.eu/ ，进行账号注册。完成后，在“数据共享”下“我的历史”模块搜索circos，出现如下结果：

 这是其他用户分享的circos作图历史。这次主要学习最后一项“Circos: Microbe Tutriol”，点击进入后，点击右上角的“+”号import history。

导入之后可以看到一共有22条记录。

先来看第22条记录Circos Plot，点击"Run this job again"，可以看到一共有八个大板块，分别是“Karyotype","2D Data Tracks","Link Tracks","General","Ideogram","Ticks","Highlights","Outputs"。

 

一.先来看第一个大板块“Karyotype"的选择：

  是一条序列文件。

 

二.然后来看第二个大板块2D Data Tracks，可以在里面自行添加”2D Data Plot“:

 1.在设置完外圈和内圈半径后，可以看到Plot Type选择的是”Text Label",文件选择的是14号”microbe.labels.txt"（从chr1开始）,来看一下这个文件格式：

 

 后面还有可以设置的小板块“Plot Format Specific Options","Rules","Axes","Backgrounds"。

 2.再插入第二个”2D Data Plot":

 设置外圈半径为0.4，内圈半径为0.2，文件选择的是13号“microbe.labels.2.txt”（从chr1开始），看一下这个文件：

3.再插入第三个“2D Data Plot”: 

  设置外圈半径为0.78，内圈半径为0.72，Plot Type为"Tiles"，文件选择19号，"microbile.tile.txt“（如下）。

 此处还设置了"Rules"板块：

  选择条件是一个限定值，选择在原文件中要比较的列，条件是小于，限定值是5kb；

设置要应用的操作，对所有点的填充色进行改变，选择灰色。

4.再插入一个”2D Data Plot“：

 外圈半径是0.68，内圈半径是0.65，Plot Type是Histogram，选择文件为15号，microbe.plot.1.txt（如下，从chr1开始）。应用最小和最大值0.0和1.0。

 5.再插入第5张"2D Data Plot”,

  也是一个直方图，外圈半径为0.65，内圈半径为0.63，文件为16号microbe.plot.2.txt（如下），大小值设置与4一样。

 插入规则，应用于start列的值，条件是modulus(绝对值)，值为2000,行为选改变能见度（change visibility）：

 6.插入第6张“2D Data Plot"图，

 外圈半径为0.62，内圈半径为0.57，也是直方图，文件选择17号microbe.plot.3.txt（如下，从chr1开始），最大和最小值设置如前。

 设置2条规则，value超过0.9为红色，低于0.1为绿色：

 

 

 

三.不添加Link Track图，设置General：

 

四.设置Ideogram板块

选择配色方案，染色体的单位(kb)，间距为0，半径为0.85，厚度为20：

 设置”labels“：

 设置"Cytogenic Bands”，选择文件为21号，选择颜色和厚度：

 

 

五.设置Ticks板块，分为4个Tick group。

 

 

 六.设置“Hightlights"板块18个：

 

 后面就是变换文件和半径：

1.0.98，0.95

2.0.85，0.82

3.0.54，0.53

4.0.52，0.51

5.0.47，0.46

6.0.49，0.48

7.0.42，0.41

8.0.44，0.43

9.0.2，0.19

10.0.18，0.17

11.0.16，0.15

12.0.805，0.80

13.0.705，0.70

14.0.555，0.55

15.0.505，0.5

16.0.455，0.45

17.0.405，0.4

从12开始颜色有黑变为浅灰色。

全部设置好之后，点击执行，最后生成图片：

 

总结一下设置：

0.98~0.95：最外圈的Hightlights

0.95~0.85：最外圈的labels

0.85~0.82：Hightlights　　0.82~0.78空

0.78~0.72：tiles，size<5kb的为灰色　　0.72~0.68空

0.68~0.65：直方图

0.65~0.63：直方图，2000能见度　　0.63~0.62空

0.62~0.57：直方图，<0.1绿，>0.9红　　0.57~0.54空

0.4~0.2：labels