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2022年8月30日
vim将多行合并为一行
摘要: 按esc键进入 Normal Mode: 键盘直接输入:ggvGJ gg 用于跳到行首 v 转换成 visual 模式 G 跳到最后一行 J 合并行
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posted @ 2022-08-30 15:09 YlnChen
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2022年8月25日
python绘制分组柱状图
摘要: #!/usr/bin/env python import seaborn as sns import matplotlib.pyplot as plt import pandas as pd import sys import os outdir=sys.argv[1] depthfile=os.p
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posted @ 2022-08-25 14:56 YlnChen
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python删除fastq文件固定位置的碱基(以及配套的质量值)
摘要: 文字版: #!/usr/bin/env python # coding=gbk ##暗反应5,6cycle需要去除第5,6个碱基和他们的质量值## ##必须放在输出文件夹路径下运行,参数1是原始fq.gz文件,参数2是截取后fq.gz文件## ##命令行输入示例:python TrimBase.py
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posted @ 2022-08-25 14:31 YlnChen
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2022年8月18日
linux去除行末的^M字符
摘要: 在vim按shift+enter键,进入命令模式,然后输入:%s/\r//g
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posted @ 2022-08-18 17:02 YlnChen
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linux将变量按斜杠切割,并用下划线连接
摘要: cat 1.txt | awk -v OFS="_" '{split($0,a,"/" ); print a[1], a[2]}'
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posted @ 2022-08-18 16:26 YlnChen
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monitor
摘要: 查看项目 monitor stat 查看项目报错信息 monitor stat -p PROJECTID_BWA -m 3|grep fail
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posted @ 2022-08-18 14:49 YlnChen
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2022年8月11日
shell: while read line只读取一行就不向下读了:原因是文件每一行不是以换行符结尾的
摘要: 在利用while read line读取文件时: 如果文件最后一行之后没有换行符\n,则read读取最后一行时遇到文件结束符EOF,循环即终止。 虽然,此时$line内存有最后一行,但程序已经没有机会再处理此行内容。因此导致了这个问题发生。解决方案如下: 1 cat $2 | while read
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posted @ 2022-08-11 11:33 YlnChen
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2022年8月9日
linux: command not found
摘要: if语句一定要有空格!否则你写正确了也会认为是一个错误命令 if[$STR1=$STR2](错误写法) if [ $STR1 = $STR2 ](正确写法) if语句中如果不添加空格的话,"if["会被识别为一个未知的命令,在运行时就会报错:"command not found",添加正确的空格才能
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posted @ 2022-08-09 16:42 YlnChen
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shell下获取指定后缀的文件
摘要: #!/usr/bin/bashFolder_A=`pwd` cd $Folder_Afor file_a in ${Folder_A}/*do filepath=`basename $file_a` if [[ ${filepath:0-3:3} -eq "txt" ]] ##以txt文件为例##t
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posted @ 2022-08-09 15:32 YlnChen
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shell从文件中读入每一行并且作为参数输入给程序
摘要: 循环读入很好写,可是每一行作为参数直接传给程序会报错,因为末尾有换行符 此时把换行符删除即可正常运行: cat fq.txt | while read linedo path=$(echo $line | sed 's/\r//') ##这一步就是替换每一行的换行符##samtools view $
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posted @ 2022-08-09 14:45 YlnChen
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