shell从文件中读入每一行并且作为参数输入给程序

循环读入很好写，可是每一行作为参数直接传给程序会报错，因为末尾有换行符

此时把换行符删除即可正常运行：

 

cat fq.txt | while read line
do
path=$(echo $line | sed 's/\r//')   ##这一步就是替换每一行的换行符##
samtools view $path | less -S