Conda安装与环境配置

Conda安装与环境配置

本文作者：Sunny-King

发布时间：2022-06-06

修改时间：2022-08-11

本文链接：https://www.cnblogs.com/Sunny-King/p/Bioinformatics-Conda.html

在做生信软件测试和相关流程开发时会遇到软件版本与所用不匹配的问题，当我们想要安装自己所需版本的时候又会遇到其他的问题，比如没有root权限，可能会改变某一流程的环境依赖问题，conda可以很好的解决这些问题。 可以利用conda创建一个虚拟环境，在该环境下安装软件，测试流程，该环境可以独立与正式的环境，并且可以在集群创建多个不同的环境，它们之间可以做到彼此互不干扰。

一、安装conda

要利用conda创建环境，首选要安装conda，然后利用conda搭建虚拟环境，以后的分析都基于此环境，避免与其他生产环境产生干扰，同时便于自己环境的管理。

1、下载安装

在这里安装minconda，

#下载minconda，在这里选择的是4.9.2，可以自行选择合适的版本
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.9.2-Linux-x86_64.sh
#安装minconda
sh ./Miniconda3-py38_4.9.2-Linux-x86_64.sh
#在安装过程中会有提示输入[yes|no],选择yes即可，在这里会提示安装miniconda的路径，可以选择默认，也可以指定自己的安装路径。

2、参数配置

添加清华源，避免在安装某包时国外的源访问失败。因为一些默认的源在境外，添加清华镜像可以加速后续软件的安装。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
# linux下安装建议将网址中的https替换为http

安装之后会自动初始化conda，每次登陆账号会自动进入base的环境。如果向每次登录进入自己原始的环境可以进行设置，避免自动进去可以设置conda。

#下面设置会每次登录会在自己原来的环境，不自动激活base环境
conda config --set auto_activate_base false

二、利用conda搭建环境

1、新建环境

新建WES的分析环境，新环境名为wes，指定python的版本为python3.6版本，也可以选择默认的版本。

# -n参数为环境名称
conda create -n wes python=3.6

如果在创建环境或者安装包时一直停留在Solving environment状态，则可能是网络问题，可以关闭防火墙试一试：

conda config --set ssl_verify false

2、激活环境和退出环境

#激活wes环境
conda activate wes
#退出当前(wes)环境
conda deactivate

三、虚拟环境的使用

1、安装所需软件

需要先激活虚拟环境后，在当前环境下安装自己所需的版本。可以使用conda进行安装，也可以下载安装包后进行安装。
在这以fastqc为例

conda install fastqc
#查看是否安装成功
fastqc --version
#查看安装的路径
which fastqc
#查看帮助信息
fastqc --help

在wes环境下即可直接使用fastqc命令。

2、退出环境后如何使用已安装软件

当退出wes环境后如何使用在wes环境下安装的软件，只需要将安装的路径添加到.bashrc,或者使用完整的路径即可使用。

3、复制环境

conda create -n new_env --clone old_env_path