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htslib安装和使用
摘要：htslib安装和使用 本文作者：Sunny-King 发布时间：2022-11-30 22:09:47 星期三 本文链接：https://www.cnblogs.com/Sunny-King/p/Bioinformatics-htslib.html 最近工作中遇到了基于htslib实现所需功能，发 阅读全文
posted @ 2022-11-30 22:10 Sunny-King 阅读(17941) 评论(0) 推荐(0)
更改Bam文件染色体名字
摘要：更改Bam文件染色体名字 本文作者：Sunny-King 发布时间：2022-08-19 10:53:42 星期五 本文链接：https://www.cnblogs.com/Sunny-King/p/Bioinformatics-Bam_reheader.html 最近遇到一个bam文件格式的问题, 阅读全文
posted @ 2022-08-19 10:54 Sunny-King 阅读(19939) 评论(0) 推荐(0)
Bam文件位点深度统计
摘要：Bam文件位点深度统计 本文作者：Sunny-King 发布时间：2022-08-08 18:49:50 星期一 本文链接：https://www.cnblogs.com/Sunny-King/p/Bioinformatics-Bam_depth.html 从NGS的数据中获取信息进行变异检测。对于 阅读全文
posted @ 2022-08-08 18:49 Sunny-King 阅读(22252) 评论(0) 推荐(0)
Fastq/Bam的downsample
摘要：Fastq/Bam的downsample 本文作者：Sunny-King 发布时间：2022-08-08 16:10:54 星期一 本文链接：https://www.cnblogs.com/Sunny-King/p/Bioinformatics-Downsample.html 最艰难处理下机数据时， 阅读全文
posted @ 2022-08-08 16:11 Sunny-King 阅读(21460) 评论(0) 推荐(0)
基因转录本选择
摘要：基因转录本选择 本文作者：Sunny-King 发布时间：2022-08-01 21:55:38 星期一 本文链接：https://www.cnblogs.com/Sunny-King/p/Bioinformatics-Transcript.html 通常多个基因会有多个不同的转录本，包括不同的外显 阅读全文
posted @ 2022-08-01 21:55 Sunny-King 阅读(22051) 评论(0) 推荐(0)
Bam sort问题
摘要：Bam sort问题 本文作者：Sunny-King 发布时间：2022-07-22 本文链接：https://www.cnblogs.com/Sunny-King/p/Bioinformatics-Bam_sort.html 将两个bam文件合并到一块后发现Tag标签顺序不一致，回顾发现排序软件在 阅读全文
posted @ 2022-07-23 20:27 Sunny-King 阅读(19096) 评论(0) 推荐(0)
Bam文件
摘要：Bam文件 本文作者：Sunny-King 发布时间：2022-07-14 本文链接：https://www.cnblogs.com/Sunny-King/p/Bioinformatics-Bam.html 在处理NGS下机数据时，通常会涉及到比对结果的查看，这需要对比对后的文件比较熟悉，下游的分析 阅读全文
posted @ 2022-07-14 14:56 Sunny-King 阅读(20460) 评论(0) 推荐(1)
生信常用工具
摘要：生信常用工具 数据库 Pubmed Annovar COSMIC PDB: 蛋白质结构数据库 EBI 工具 SCI hub Transvar Decoding SAM flags ：解析Bam的flag标签 hgLiftOver：转换基因组坐标 HGNC NCBI Blast 阅读全文
posted @ 2022-07-06 14:39 Sunny-King 阅读(18956) 评论(0) 推荐(0)
Trimmomatic安装和使用
摘要：Trimmomatic安装和使用 本文作者：Sunny-King 发布时间：2022-06-14 本文链接：https://www.cnblogs.com/Sunny-King/p/Bioinformatics-Trimmomatic.html 2022-06-14 Trimmomatic: A f 阅读全文
posted @ 2022-06-16 18:03 Sunny-King 阅读(35913) 评论(0) 推荐(0)
FastQC的安装与使用
摘要：FastQC的安装与使用FastQC的安装与使用 本文作者：Sunny-King 发布时间：2022-06-09 本文链接：https://www.cnblogs.com/Sunny-King/p/Bioinformatics-FastQC.html 一、下载安装 1、准备工作 java环境 FastQC是一个java应用 阅读全文
posted @ 2022-06-09 14:23 Sunny-King 阅读(23689) 评论(1) 推荐(1)
Conda安装与环境配置
摘要：Conda安装与环境配置 本文作者：Sunny-King 发布时间：2022-06-06 修改时间：2022-08-11 本文链接：https://www.cnblogs.com/Sunny-King/p/Bioinformatics-Conda.html 在做生信软件测试和相关流程开发时会遇到软件 阅读全文
posted @ 2022-06-06 09:47 Sunny-King 阅读(20862) 评论(0) 推荐(0)
TransVar网页版使用
摘要：TransVar网页版使用 本文作者：Sunny-King 发布时间：2022-06-02 本文链接：https://www.cnblogs.com/Sunny-King/p/Bioinformatics-TransVar_web.html Transvar是一个基因变异位点的多功能注释软件,之前已 阅读全文
posted @ 2022-06-02 10:33 Sunny-King 阅读(19307) 评论(0) 推荐(0)
TransVar软件使用
摘要：TransVar软件使用 Transvar是一个基因变异位点的多功能注释软件。由Wanding Zhou在2015年用Python开发的一款开源软件，目前有网页版(TransVar)和本地版两种使用方式方式。在这里主要介绍下利用该软件实现坐标的转换功能。网页版使用在另外一篇笔记中：TransVar网 阅读全文
posted @ 2022-06-01 15:52 Sunny-King 阅读(19939) 评论(0) 推荐(0)