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Linux 与 VASP 作业提交基础教程

欢迎各位新同学！本教程旨在帮助你快速掌握在服务器上进行科研工作所需的基本 Linux 操作，并学会如何提交 VASP 计算任务。

# 从本地上传文件到服务器
# scp [本地文件路径] username@server_address:[服务器上的目标路径]
scp my_vasp_job.zip username@server_address:/home/username/vasp_jobs/

# 从服务器下载文件到本地
# scp username@server_address:[服务器上的文件路径] [本地目标路径]
scp username@server_address:/home/username/vasp_jobs/OUTCAR ./

4. 基本命令

文件和目录操作

pwd (Print Working Directory): 显示当前所在的目录。
```
pwd
# 输出: /home/username
```

ls (List): 列出当前目录下的文件和目录。

ls
# ls -l  # 显示详细信息
# ls -a  # 显示所有文件（包括隐藏文件）

cd (Change Directory): 切换目录。

cd /home/username/Documents  # 切换到 Documents 目录
cd ..                        # 切换到上一级目录
cd ~                         # 切换到主目录
cd -                         # 切换到上一个工作目录

mkdir (Make Directory): 创建一个新目录。
```
mkdir my_project
```
touch: 创建一个空文件或更新文件的时间戳。
```
touch new_file.txt
```

cp (Copy): 复制文件或目录。

cp source.txt destination.txt  # 复制文件
cp -r source_dir/ new_dir/     # 复制目录（需要 -r 选项）

mv (Move): 移动或重命名文件/目录。

mv old_name.txt new_name.txt  # 重命名
mv my_file.txt /tmp/          # 移动文件到 /tmp 目录

rm (Remove): 删除文件或目录。

rm file.txt                  # 删除文件
rm -r old_project/           # 删除目录（需要 -r 选项）
# 请谨慎使用 rm -rf，它会强制删除所有内容且无法恢复！

tar: 用于打包和解包文件（.tar.gz 或 .tgz 格式很常用）。

# 解压 a.tar.gz 文件
tar -zxvf a.tar.gz
# 将 my_folder 文件夹打包为 my_folder.tar.gz
tar -zcvf my_folder.tar.gz my_folder

查看文件内容

cat (Concatenate): 显示整个文件的内容。
```
cat file.txt
```
less: 分页查看文件内容。按 q 退出。
```
less long_file.txt
```
head: 查看文件的开头部分（默认前10行）。
```
head file.txt
# head -n 20 file.txt # 查看前20行
```

tail: 查看文件的结尾部分（默认后10行）。

tail file.txt
# tail -f log.txt # 实时查看文件更新，常用于日志监控

获取帮助

man (Manual): 显示命令的手册页。
```
man ls
```
--help: 大多数命令支持 --help 选项来显示简短的帮助信息。
```
ls --help
```

5. 文件权限

使用 ls -l 可以看到类似 -rwxr-xr-- 的字符串。这表示文件的权限。

第一个字符：d 表示目录，- 表示文件。
后面九个字符分为三组：
1. 所有者 (User) 的权限
2. 所属组 (Group) 的权限
3. 其他用户 (Others) 的权限
每组权限包含：
- r: 读 (Read)
- w: 写 (Write)
- x: 执行 (Execute)

chmod 命令用于修改权限。

# 给所有用户添加可执行权限
chmod +x script.sh

# 设置权限为 rwxr-xr-x (所有者可读写执行，组和其他用户可读可执行)
chmod 755 script.sh

6. 管道和重定向

重定向输出 > 和 >>:
- >: 将命令的输出写入文件（会覆盖文件原有内容）。
- >>: 将命令的输出追加到文件末尾。
```
ls -l > file_list.txt
echo "Hello again" >> hello.txt
```

管道 |: 将一个命令的输出作为另一个命令的输入。

# 列出所有文件，然后用 grep 筛选出包含 "py" 的行
ls -l | grep "py"

7. 文本搜索

grep (Global Regular Expression Print): 在文件中搜索指定的文本模式。这对于检查 VASP 的输出文件 OUTCAR 至关重要。

# 在 OUTCAR 中搜索 "error"，检查是否有错误
grep "error" OUTCAR

# 检查电子步是否收敛，"F=" 是 VASP 输出中总自由能的标志
grep "F=" OUTCAR

# 递归地在目录中搜索 (-r) 并忽略大小写 (-i)
grep -ri "database" /var/log/

下一步可以学习：

学习 sed 和 awk 进行高级文本处理和数据提取。
编写更复杂的 Shell 脚本来自动化你的工作流。
了解如何分析 vasprun.xml 文件。

祝您科研顺利！

posted @ 2025-07-09 18:07 Simcrq 阅读(22) 评论(0) 收藏举报

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Linux 与 VASP 作业提交基础教程

目录

1. 简介

为什么使用 Linux 命令行？

2. 终端和 Shell

3. 远程连接与文件传输