预留接口：笔记：Bam文件的常见Flag汇总

近期需要提取 unmapped bam，使用以下命令就可以提取：

samtools view -b -h -F 2 -@ 16 *.bam >*.bam #2表示paired reads中每一个都匹配上了，我认为除去这些，其他的都算 unmapped

 

常见Flag汇总：#TODO：分类、解释

 

65
69
73
77
81
83
97
99
113
117
121
129
133
137
141
145
147
161
163
177
181
185
321
323
337
339
353
355
369
371
387
401
403
417
419
433
435
1107
1123
1171
1187