【宏基因组测序流程】

1. rescript获得序列和物种分类，首先用QIIME 2 environment安装插件依赖，https://github.com/bokulich-lab/RESCRIPt，再安装插件

2.如何使用然后获得序列和物种分类？

https://forum.qiime2.org/t/using-rescript-to-compile-sequence-databases-and-taxonomy-classifiers-from-ncbi-genbank/15947

 

qiime rescript get-ncbi-data \
    --p-query '33175[BioProject] OR 33317[BioProject]' \
    --o-sequences ncbi-refseqs-unfiltered.qza \
    --o-taxonomy ncbi-refseqs-taxonomy-unfiltered.qza

 

qiime rescript filter-taxa \
    --i-taxonomy ncbi-refseqs-taxonomy-unfiltered.qza \
    --m-ids-to-keep-file ncbi-refseqs.qza \
    --o-filtered-taxonomy ncbi-refseqs-taxonomy.qza

　　搜索范围：指定的所需序列id号构成的文本文件 --m-accession-ids-file 

　　搜索内容：指定词汇  --p-query

       过滤内容：--o-filtered-taxonomy

　　获得文件之后转为文本格式，写入库