摘要：gset <- getGEO("GSE42872",destdir = ".",AnnotGPL = F,getGPL = F) if(F){ gset <- getGEO("GSE42872",destdir = ".",AnnotGPL = F,getGPL = F) save(gset,fil 阅读全文

摘要：查找芯片平台（比如GSE42872的平台文件GPL6244）对应的数据包： 参考：http://www.bio-info-trainee.com/1399.html gpl organism bioc_package 1 GPL32 Mus musculus mgu74a 2 GPL33 Mus m 阅读全文

摘要：a = matrix(1:20, nrow = 4,dimnames = list(c("第1行", "第2行", "第3行", "第4行"), c("第1列", "第2列", "第3列", "第4列", "第5列"))) a a[c(1, 3), c(2, 4)] a[c(1, 3),] a[, 阅读全文

摘要：##这个可以跑if(T){ gset <- getGEO("GSE42872",destdir = ".",AnnotGPL = F,getGPL = F) save(gset,file ="GSE42872_eSet.Rdata") } ##也就说if(!file.exists(f))等同于if( 阅读全文

摘要：load(file = 'step1-output.Rdata') table(group_list) # 每次都要检测数据 dat[1:4,1:4] ## 下面是画PCA的必须操作，需要看说明书。 dat=t(dat)#画PCA图时要求是行名时样本名，列名时探针名，因此此时需要转换 dat=as. 阅读全文