WCHN-CTseg
WCHN-CTseg
前两天我们装了 Matlab 和 SPM12 两个软件，今天我们就来讲怎么运行这个 CTseg （这是一个可以进行脑CT分割、归一化、颅骨剥离和总脑/颅内容积计算的一个算法~）
下载所需包
首先要下的两个软件： Matlab 和 SPM12 ，详情请看这里：Matlab 安装及添加 SPM 12 - Ray-Z - 博客园 (cnblogs.com)
下载CTseg 包
在 Github 上下载 CTseg 安装包 ，Github：https://github.com/WCHN/CTseg
这个页面下面会有一些介绍，大概可以看一下
然后在依赖工具这里还需要下载一个包：Multi-Brain toolbox
Tips：
我这边是在 Windows 系统下下载了 Matlab 软件使用的，如果你没有 Matlab ，他这里面有个 Docker ，这个我没试过，所以具体怎样我也不知道~~~
下载 Multi-Brain toolbox 包
然后，我们下载 Multi-Brain toolbox ，同 CTseg ，下载完会得到 mb-master 的压缩包。地址：https://github.com/WTCN-computational-anatomy-group/mb
下载完以后，阅读这个页面的 Dependencies 和 Installation instructions ，会发现还需要安装一个编译器 MS （ Windows 系统下才会需要下 /(ㄒoㄒ)/~~ ）
维基百科：https://en.wikibooks.org/wiki/SPM/SPM12_MEX_Compilation_on_Windows
下载 MS
从给的维基百科地址打开可以看到有下载 MSYS2 的网址，进去下载就可以了
下载完之后就安装就可以了，在这个下载页面也提供了具体的安装步骤~
到这里，所有需要的包和软件都下载安装完毕啦~
配置
首先我们先把下载的 mb-master 压缩包解压，然后复制到 Matlab -> toolbox ->spm12 -> toolbox 中，记得在 Matlab 中设置路径，这是需要添加到环境路径中的，否则运行不了~
然后打开 MS ，按照维基百科页面输入以下代码：
pacman -Syu
pacman -Su
pacman -S --needed base-devel mingw-w64-x86_64-toolchain
这是在下载一些需要的包，然后下载慢或者网络不好的话，可以换源下载，这里我换的是清华源，代码如下：
sed -i "s#https\?://mirror.msys2.org/#https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/msys2/#g" /etc/pacman.d/mirrorlist*
换完源之后就快很多啦~~~
之后去 Matlab 输入以下命令：
setenv('MW_MINGW64_LOC', '自己的msys64\mingw64地址')
mex -setup
这样 MEX 就配置好了，就可以进行后续文件夹里面的 .c 文件的编译了。
然后根据页面，在 MS 中按要求输入以下代码：
cd 你自己下载的Matlab的位置/MATLAB/spm12/src
PATH=/你自己Matlab的位置/MATLAB/R2018b/bin/win64:${PATH}
$ export MW_MINGW64_LOC=/自己msysm64的位置/msys64/mingw64/
$ PATH=/自己msysm64的位置/msys64/mingw64/bin/:${PATH}
这是添加环境路径。
之后，下一步是需要输入以下代码：
make distclean
make && make install
make external-distclean
make external && make external-install
因为 Windows 没有 make 命令，所以需要自己安装， Linux 系统是不需要这一步的，直接 make 就行了~
但是这里我会一直报错，说找不到这个平台，弄了好久这里 /(ㄒoㄒ)/~~
然后我们回到 Multi-Brain toolbox 的 Github ，里面有行代码特别重要！！！
mex -O -largeArrayDims -DSPM_WIN32 spm_gmmlib.c gmmlib.c
就是这个，他也说了，如果在 Windows 系统下报错就使用这行代码！
为啥我弄了好久呢，因为我用浏览器自带的翻译功能给他翻译了，然后这行代码就变成了这样：
我是怎么输都不对呀！！！(╯▔皿▔)╯ 当时只是觉得这代码好奇怪呀，也没有细想了 /(ㄒoㄒ)/~~
在这里，以我自身的教训提醒大家，一定不要翻译，就算你翻译完后再显示原文也是不对的！！！可以重新进入一下！！！
我们去 Matlab 中使用这行命令就好啦！！！注意，要到含有 .c 的文件里里面使用这行代码哦，否则会报错！
spm_gmmlib.c gmmlib.c 这两个 .c 文件在你 Matlab 里面之前复制到 spm12 的 mb-master 文件夹中
Matlab地址\MATLABR2023a\toolbox\spm12\toolbox\mb-master
mex -O -largeArrayDims -DSPM_WIN32 spm_gmmlib.c gmmlib.c
这样就解析完成啦！！！
然后打开我们之前下载的 CTseg 包，解压后在 Matlab 中打开，记得先添加到路径中！
因为我们只需要用到归一化，所以我们使用的是示例一
首先在 Matlab 中打开 CTseg-master，然后新建一个 .m 文件，在新建的文件里把示例一的代码复制粘贴，把地址换成自己的地址就可以啦！
然后运行这个新建的 .m 文件就可以啦！
因为他这个代码里面会要下载一个 model.zip 文件，如果你网络不好的话，最好先下载下来，否则会报错，显示下载超时。
下载地址：https://www.dropbox.com/s/qjdqavysgqqhyzc/model.zip?dl=1
下载完不用解压，直接放到 CTseg-master 文件夹下就可以了
结束之后会生成这么多 .nii 文件， ss_ 是剥离颅骨的， mwc 是归一化和调制的（分的好细，分别是白质、黑质、脑脊液、骨、软组织和背景）
最后，有一个小Tips
Tips：在最后运行的时候如果出现错误的话，就重头把安装步骤再弄一遍，多试几次就好了~~~
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