ggpubr之GO结果可视化

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GO分析

在生物学领域,我们常会拿到很多基因的名字,而这些基因具体在机体具体有哪些生物学功能,这就需要我们对这些基因进行功能注释,目前在对基因集注释分析过程中,最常用的分析方法就是GO分析,该分析可在DAVID,当然这个数据还有很多其它的功能,如基因ID转换,在数据库注释后我们可以拿到注释的结果表,然后我们可挑选显著的go term进行可视化。

ggpubr包

我们经常听到ggplot2,它是数据可视化常用的R包,而ggpubr是在ggplot2基本功能的基础上进行完善的绘图包,小编认为ggpubr这个包在科研文章绘图是极其方便灵活的。下面用该R包对GO分析结果可视化进行展示。

  • 原始数据
    基于数据库结果挑选需要可视化的term进行分析前的整理
    GO数据

  • 代码展示:GO可视化代码

  • 可视化结果

结果
关于利用ggpubr进行其它图形绘制,等下回小编需要用到再进行推送,如需要本期代码,可联系博主。

posted on 2019-12-04 17:51  kenmly墨雲  阅读(771)  评论(0)    收藏  举报