随笔档案「2015年9月」 - OA_maque

Flexbar 的安装

摘要：安装 Flexbar "Flexbar" "github flexbar" 下载 $ wget http://downloads.sourceforge.net/project/flexbar/2.5/flexbar_v2.5_linux64.tgz 解压 $ tar... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:26 OA_maque 阅读(896) 评论(0) 推荐(0)

SAMStat 的安装

摘要：安装 SAMStat "SAMStat" 下载 $ wget http://downloads.sourceforge.net/project/samstat/samstat 1.5.tar.gz 解压 $ tar xzvf samstat 1.5.tar.gz 编译由... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:24 OA_maque 阅读(568) 评论(0) 推荐(0)

Picard 的安装

摘要：安装 Picard "picard" 下载 $ wget https://github.com/broadinstitute/picard/releases/download/1.124/picard tools 1.124.zip O picard tools 1.124.zip ... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:23 OA_maque 阅读(5195) 评论(0) 推荐(0)

FastQC 的安装

摘要：安装 FastQC "FastQC" 下载 $ wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.3.zip 解压 $ unzip fastqc_v0.11.3.zip 设置... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:23 OA_maque 阅读(4732) 评论(0) 推荐(0)

HTSeq 的安装

摘要：htseq count 的安装 "HTSeq: Analysing high throughput sequencing data with Python" "Prequisites and installation" 安装依赖的组件 $ sudo apt get install... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:22 OA_maque 阅读(4825) 评论(0) 推荐(0)

STAR 的安装

摘要：STAR 的安装 "github STAR" 下载 $ wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/STAR_2.4.2a.tar.gz 解压 $ tar xzf STAR_2.4.2a.tar.gz 编译安装 $... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:19 OA_maque 阅读(1968) 评论(0) 推荐(0)

cufflinks 2 的安装

摘要：安装 cufflinks2 "Cufflinks" "github cufflinks" 下载最新预编译版本 $ wget http://cole trapnell lab.github.io/cufflinks/assets/downloads/cufflinks 2.2.1... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 10:30 OA_maque 阅读(3127) 评论(0) 推荐(0)

TopHat2 的安装

摘要：安装 TopHat2 下载最新预编译版本 $ wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat 2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz 解压 $ tar zxvf tophat 2.1.0.Linux_x... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 10:17 OA_maque 阅读(3777) 评论(0) 推荐(1)

bam-readcount 的安装

摘要：安装 bam readcount "bam readcount" 需要提前安装 git 和 cmake 如果都没有安装的话，可以一条命令： $ sudo apt get install build essential git core cmake zlib1g dev libncur... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 10:15 OA_maque 阅读(2749) 评论(0) 推荐(0)

samtools 的使用

摘要：主要介绍一下 SAMtools 的用法。它被誉为 NGS 里面的瑞士军刀，功能很是强大，所以值得好好学习一番。文档参考 "总站" "samtools mannual" "github samtools" "标准流程" 推荐： "blog SAMtools: ... 阅读全文

posted @ 2015-09-23 01:43 OA_maque 阅读(2828) 评论(0) 推荐(0)

比对程序 Bowtie 的简单使用

摘要：主要简述 bowtie 的入门用法，完成从原始序列到最后mapping 之后的 sam格式文件。参考文档最重要的参考文档还是官方文档： "Bowtie mannual" "Getting started with Bowtie" "github bowtie" ... 阅读全文

posted @ 2015-09-22 09:43 OA_maque 阅读(3598) 评论(0) 推荐(0)

比对程序 Bowtie2 的简单使用

摘要：主要简述 bowtie2 的入门用法，完成从原始序列到最后完成mapping 之后的 sam格式文件。参考文档最重要的参考文档还是官方文档： "Bowtie2 mannual" "Getting started with Bowtie 2" "文献: Fast gap... 阅读全文

posted @ 2015-09-21 21:43 OA_maque 阅读(4275) 评论(0) 推荐(0)

比对程序 BWA 的简单用法

摘要：本文主要非常简要地介绍一下基因组二代测序序列比对程序 BWA 的使用：帮助文档 "Manual Reference Pages" "github bwa" "文献: Fast and accurate short read alignment with Burrows Wh... 阅读全文

posted @ 2015-09-21 20:06 OA_maque 阅读(2534) 评论(0) 推荐(0)

文本处理之 awk

摘要：主要介绍 awk 的用法，是非常强大的一门语言，自然是很复杂，入门级别先掌握基本的再说吧。主要还是从网上比较好的教程开始。 1. man awk man awk | less 2. The GNU Awk User’s Guide "The GNU Awk User’s Gu... 阅读全文

posted @ 2015-09-20 20:20 OA_maque 阅读(156) 评论(0) 推荐(0)

文本处理之 sed

摘要：sed 命令也是非常有用，主要用来将数据进行选取，替换，删除，新增等操作。以下先列几个不错的网上教程: 1. man sed man sed | less 2. sed mannual "sed mannual" 3. sed introduction "sed... 阅读全文

posted @ 2015-09-20 16:12 OA_maque 阅读(153) 评论(0) 推荐(0)

文本处理之 grep

摘要：本文是关于 grep 的一些用法，义为 globally search a regular expression and print ，功能很是强大，利用正则表达式来寻找文本的 pattern，可以作为一个非常好的过滤器，与其他工具结合使用可以达到使一些问题得到巧妙的解决。 grep 学习，... 阅读全文

posted @ 2015-09-20 11:30 OA_maque 阅读(197) 评论(0) 推荐(0)

python 之正则表达式入门

摘要：正则表达式确实很强大，需要好好学习。但是其语法多样，完全涵盖的话需要一本书去讲解，作为入门级别，为了降低学习曲线以及提高自信心，打算先总结最常用的，最实用的，并且主要用于序列处理的一些知识点。比较常用的符号 "标准库文档参考" "HOW TO" . In the default mode, ... 阅读全文

posted @ 2015-09-19 21:39 OA_maque 阅读(303) 评论(0) 推荐(0)

如何得到给定序列的互补序列以及反向互补序列

摘要：用 python 实现如下: 1 #!/usr/bin/python 2 # Complementing DNA 3 4 my_dna = "ACTGATCGATTACGTATAGTATTTGCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT" 5 # 由于python 区分大小写，所以先... 阅读全文

posted @ 2015-09-17 20:39 OA_maque 阅读(3801) 评论(0) 推荐(0)

将给定序列翻译成蛋白质序列

摘要：利用 dictionary 可以将给定的cDNA序列翻译成蛋白序列 1 #!/bin/python 2 # Dictionary protein translation 3 4 my_dna = open("/home/maque/my_dna.txt").read().replace('\n',... 阅读全文

posted @ 2015-09-17 20:11 OA_maque 阅读(1040) 评论(0) 推荐(0)

统计给定序列的AT-content ，并设置小数点位数

摘要：习题来源： Python for Biologists： A complete programming course for beginner 1 #!/bin/python 2 # calculate the AT content of a DNA seq 3 4 def get_at_cont... 阅读全文

posted @ 2015-09-17 19:18 OA_maque 阅读(274) 评论(0) 推荐(0)

如何在一序列中寻找E-BOX 元件，并将其变为小写

摘要：给定一个序列，寻找所有的E-BOX motif (CNNTTG) , 并且将其变为小写，用 python 实现如下： 1 #!/bin/python 2 # Date: 2015.8.01 3 # Author: 4 """ Search E-box motif(CNNTTG) in a DNA... 阅读全文

posted @ 2015-09-17 18:42 OA_maque 阅读(877) 评论(0) 推荐(0)

列出给出序列的crispr 引物

摘要：手动寻找cripsr 引物比较麻烦，而现在有些网站可以完成这一任务，但是，用python 去实现它也很简单。以下是脚本： 1 #!/usr/bin/python 2 # list all crispr-target(20 bp + NGG) 3 4 import re 5 from Bio.Seq... 阅读全文

posted @ 2015-09-14 23:19 OA_maque 阅读(687) 评论(0) 推荐(0)

统计任意两个正整数之间所有奇数的和

摘要：题目来源: Conditions and Loops 1 #!/usr/bin/python3 2 # sum all odds between two positive integer 3 4 a = int(input("Please input one positive integer > ... 阅读全文

posted @ 2015-09-12 11:10 OA_maque 阅读(675) 评论(0) 推荐(0)

在Ubuntu 12.04 中如何更换一个更快的软件源？

摘要：在ubuntu 下下载安装软件使用不同的镜像源速度差异非常大，官方的那个比较慢，所以选择最快的最有效率。设置方法不一，网上教程比较常见的是自己手动去更改更新源列表，把特定版本的源列表直接复制到 /etc/apt/sources.list 文件中，但是有时候源文件会失效，而且不一定每次源文件都是跟自... 阅读全文

posted @ 2015-09-12 09:20 OA_maque 阅读(544) 评论(0) 推荐(0)

去掉文件中重复的元件，生成无重复的列表

摘要：有一个文件，内容如下 file_name1 file_name4 file_name3 file_name11 file_name7 file_name1 file_name3 file_name1 file_name8 文件里有重复的名字，现想去掉重复的，只保留一个，用 python 脚本实现，代... 阅读全文

posted @ 2015-09-11 15:43 OA_maque 阅读(285) 评论(0) 推荐(0)

sra-tools 的安装与简单使用

摘要：本文主要介绍如何安装和使用 sra tools 这个软件，主要用途还是把NGS序列原始数据从 sra 格式转换到 fastq 格式，以便于后续的数据分析。下载 "SRA Toolkit" 可以直接下载已经编译过的软件。无需自己再编译。文档安装，使用 "SRA Toolkit... 阅读全文

posted @ 2015-09-11 15:31 OA_maque 阅读(8640) 评论(0) 推荐(0)

python 之 dictionary

摘要：主要是关于 dictionary 的官方文档。总的来说， dict 这个类型不如其他类型那么灵活多变，用法比较固定，无论怎么变，基本上都是关于 key value 的。标准库中的文档不算长，已经是简明厄要了，不需要再自己去挑选什么的，所以当前需要参考还是以该文档为主。 "Mapping Ty... 阅读全文

posted @ 2015-09-10 15:22 OA_maque 阅读(159) 评论(0) 推荐(0)

ubuntu 下安装最新版本的R-以及RStudio

摘要：主要说一下在ubuntu 下如何安装最新版本的R以及安装目前比较流行易用的IDE RStudio 下载 "下载镜像" 这个镜像在国内速度比较快，选择 Precompiled binary distributions, 后面安装会很简单。安装R 安装直接点右键选择 open with... 阅读全文

posted @ 2015-09-10 11:26 OA_maque 阅读(942) 评论(0) 推荐(0)

Ubuntu 下输入法安装

摘要：ubuntu 下的 ibus 不是很好用，网上建议安装Fcitx 框架, 主要的网上教程如下： "Ubuntu 14.04 LTS中怎样安装fcitx中文输入法" "Ubuntu安装Fcitx(小企鹅五笔输入法)" 阅读全文

posted @ 2015-09-10 10:54 OA_maque 阅读(101) 评论(0) 推荐(0)

python 之 Sequence Types — list, tuple, range

摘要：python有不同的序列类型，三个基本的为list, tuple, range； string 与 dictionary 单独去解析。关于这一块，标准库的文档讲的非常好，没必要再贴过来 "Sequence Types — list, tuple, range" "Lists" "T... 阅读全文

posted @ 2015-09-09 19:07 OA_maque 阅读(452) 评论(0) 推荐(0)

python 之 string

摘要：因为用 python 主要还是集中在字符处理等上，所以有必要加深学习，今天首先学习一下 string 的一些方法，虽然也有 string 这个 module ，但是内置的 string.method 应该也挺丰富的，很多东西是重合的。并且由于 python 3.4 目前已经默认支持中文编码，而... 阅读全文

posted @ 2015-09-08 19:51 OA_maque 阅读(381) 评论(0) 推荐(0)

09 2015 档案