T0911

 PyMOL(TM) 2.3.2 - Incentive Product
 Copyright (C) Schrodinger, LLC
 
 This Executable Build integrates and extends Open-Source PyMOL.
 Detected OpenGL version 2.1. Shaders available.
 Detected GLSL version 1.20.
 OpenGL graphics engine:
  GL_VENDOR:   Intel Inc.
  GL_RENDERER: Intel HD Graphics 3000 OpenGL Engine
  GL_VERSION:  2.1 INTEL-10.4.14
 License Expiry date: 01-mar-2020
License expired

 Detected 4 CPU cores.  Enabled multithreaded rendering.

 ObjectMolecule: Read crystal symmetry information.
 CmdLoad: PDB-string loaded into object "T0911", state 1.

 CmdLoad: PDB-string loaded into object "QUARK_TS1", state 1.

 Match: read scoring matrix.
 Match: assigning 408 x 445 pairwise scores.
 MatchAlign: aligning residues (408 vs 445)...
 MatchAlign: score 2121.000
 ExecutiveAlign: 408 atoms aligned.
 ExecutiveRMS: 24 atoms rejected during cycle 1 (RMSD=3.68).
 ExecutiveRMS: 10 atoms rejected during cycle 2 (RMSD=2.76).
 ExecutiveRMS: 6 atoms rejected during cycle 3 (RMSD=2.57).
 ExecutiveRMS: 3 atoms rejected during cycle 4 (RMSD=2.50).
 ExecutiveRMS: 1 atoms rejected during cycle 5 (RMSD=2.47).
 Executive: RMSD =    2.458 (364 to 364 atoms)
 Executive: object "aln_T0911_to_QUARK_TS1" created.

 CmdLoad: PDB-string loaded into object "BAKER-ROSETTASERVER_TS3", state 1.

 Match: read scoring matrix.
 Match: assigning 408 x 445 pairwise scores.
 MatchAlign: aligning residues (408 vs 445)...
 MatchAlign: score 2121.000
 ExecutiveAlign: 408 atoms aligned.
 ExecutiveRMS: 24 atoms rejected during cycle 1 (RMSD=5.95).
 ExecutiveRMS: 13 atoms rejected during cycle 2 (RMSD=3.22).
 ExecutiveRMS: 12 atoms rejected during cycle 3 (RMSD=2.89).
 ExecutiveRMS: 11 atoms rejected during cycle 4 (RMSD=2.70).
 ExecutiveRMS: 8 atoms rejected during cycle 5 (RMSD=2.52).
 Executive: RMSD =    2.410 (340 to 340 atoms)
 Executive: object "aln_T0911_to_BAKER-ROSETTASERVER_TS3" created.

 CmdLoad: PDB-string appended into object "QUARK_TS1", state 2.

 CmdLoad: PDB-string loaded into object "QUARK_TS1", state 1.

 Executive: Colored 6397 atoms and 1 object.

 Executive: Colored 3450 atoms and 1 object.

 Executive: Colored 6397 atoms and 1 object.

 ObjectMolecule: Read crystal symmetry information.
 CmdLoad: PDB-string loaded into object "T0911", state 1.

 Setting: bg_rgb set to white.

PyMOL>show QUARK_TS1
Error: unknown representation: 'QUARK_TS1'. Choices:
  angles      cgo         ellipsoids  licorice    nonbonded   sticks    
  callback    dashes      everything  lines       ribbon      surface   
  cartoon     dihedrals   extent      mesh        slice       volume    
  cell        dots        labels      nb_spheres  spheres     wire      

PyMOL>show cartoon,QUARK_TS1

 Match: read scoring matrix.
 Match: assigning 408 x 445 pairwise scores.
 MatchAlign: aligning residues (408 vs 445)...
 MatchAlign: score 2121.000
 ExecutiveAlign: 408 atoms aligned.
 ExecutiveRMS: 24 atoms rejected during cycle 1 (RMSD=3.68).
 ExecutiveRMS: 10 atoms rejected during cycle 2 (RMSD=2.76).
 ExecutiveRMS: 6 atoms rejected during cycle 3 (RMSD=2.57).
 ExecutiveRMS: 3 atoms rejected during cycle 4 (RMSD=2.50).
 ExecutiveRMS: 1 atoms rejected during cycle 5 (RMSD=2.47).
 Executive: RMSD =    2.458 (364 to 364 atoms)
 Executive: object "aln_T0911_to_QUARK_TS1" created.

 Executive: Colored 6397 atoms and 1 object.

 Match: read scoring matrix.
 Match: assigning 445 x 408 pairwise scores.
 MatchAlign: aligning residues (445 vs 408)...
 MatchAlign: score 2121.000
 ExecutiveAlign: 408 atoms aligned.
 ExecutiveRMS: 24 atoms rejected during cycle 1 (RMSD=5.95).
 ExecutiveRMS: 13 atoms rejected during cycle 2 (RMSD=3.22).
 ExecutiveRMS: 12 atoms rejected during cycle 3 (RMSD=2.89).
 ExecutiveRMS: 11 atoms rejected during cycle 4 (RMSD=2.70).
 ExecutiveRMS: 8 atoms rejected during cycle 5 (RMSD=2.52).
 Executive: RMSD =    2.410 (340 to 340 atoms)
 Executive: object "aln_BAKER-ROSETTASERVER_TS3_to_T0911" created.

 Executive: Colored 3451 atoms and 1 object.

 Executive: Colored 6397 atoms and 1 object.

PyMOL>png /Users/mingai/Documents/T0911_BAKER.png, 0, 0, -1, ray=0
 ScenePNG: wrote 640x476 pixel image to file "/Users/mingai/Documents/T0911_BAKER.png".

PyMOL>png /Users/mingai/Documents/T0911_QUARK.png, 0, 0, -1, ray=0
 ScenePNG: wrote 640x476 pixel image to file "/Users/mingai/Documents/T0911_QUARK.png".

 Executive: Colored 3451 atoms and 1 object.

PyMOL>png /Users/mingai/Documents/T0911total.png, 0, 0, -1, ray=0
 ScenePNG: wrote 640x476 pixel image to file "/Users/mingai/Documents/T0911total.png".

PyMOL>png /Volumes/Untitled/T0911_best_cmp.png, 0, 0, -1, ray=0
 ScenePNG: wrote 640x476 pixel image to file "/Volumes/Untitled/T0911_best_cmp.png".

 CmdLoad: PDB-string loaded into object "chuo-u-server_TS2", state 1.

 Match: read scoring matrix.
 Match: assigning 408 x 445 pairwise scores.
 MatchAlign: aligning residues (408 vs 445)...
 MatchAlign: score 2121.000
 ExecutiveAlign: 408 atoms aligned.
 Executive: RMSD =   23.683 (408 to 408 atoms)
 Executive: object "aln_T0911_to_chuo-u-server_TS2" created.

 Executive: Colored 3451 atoms and 1 object.

PyMOL>png /Volumes/Untitled/T0911_QDeep_loss.png, 0, 0, -1, ray=0
 ScenePNG: wrote 640x476 pixel image to file "/Volumes/Untitled/T0911_QDeep_loss.png".

 CmdLoad: PDB-string loaded into object "chuo-u2_TS4", state 1.

 Match: read scoring matrix.
 Match: assigning 408 x 445 pairwise scores.
 MatchAlign: aligning residues (408 vs 445)...
 MatchAlign: score 2121.000
 ExecutiveAlign: 408 atoms aligned.
 ExecutiveRMS: 3 atoms rejected during cycle 1 (RMSD=21.01).
 Executive: RMSD =   20.766 (405 to 405 atoms)
 Executive: object "aln_T0911_to_chuo-u2_TS4" created.

 Executive: Colored 3451 atoms and 1 object.

PyMOL>png /Users/mingai/Downloads/draw/T0911_QA-RESE_loss.png, 0, 0, -1, ray=0
 ScenePNG: wrote 640x476 pixel image to file "/Users/mingai/Downloads/draw/T0911_QA-RESE_loss.png".