摘要: Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial 摘要 这篇文章主要阐述了一个典型的单细胞 RNA-seq 分析的详细流程,包括了以下流程: pre-processing -数据预处理 quality control 阅读全文
posted @ 2020-08-09 14:02 ScSexplorer 阅读(1226) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: #1、什么是 spike-in control spike-in control 是指利用人为设计好的可以直接添加到待检样品中和这些样品一起参考文库构建、测序等工作的参照物序列进行标准化。这些参照物序列往往都是非人类的序列,或者是人造的序列,其中都含有一个特殊的分子标签(molecular barc 阅读全文
posted @ 2020-07-14 16:05 ScSexplorer 阅读(4172) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: #数值和字符处理函数 ##1. 数学函数 | 函数 | 功能 | | | | | abs(x) | 绝对值 | | sqrt(x) | 平方根 | | ceiling(x) | 返回不小于 x 的最大整数 | | floor(x) | 返回不大于 x 的最大整数 | | trunc(x) | 向 0 阅读全文
posted @ 2020-07-06 10:21 ScSexplorer 阅读(408) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 1. R 中图形的概念 在 R 中图,就像 photoshop 中的图层一样,每一个元素都是层层向上延展构建的,最终形成了我们视觉上所形成的平面图形。这些元素包含了常见的图形的标题(title)、坐标轴(axis)、标签(label)、颜色(color)、线条(line)、符号(character) 阅读全文
posted @ 2019-12-06 17:40 ScSexplorer 阅读(805) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 一、数据集 数据集的概念 数据集是由数据组成的矩阵数组,行表示观测(observation),列表示变量(variable) 数据类型 1. 数值型变量 PatientID、AdmData、Age 为数值型变量 2. 字符型变量 Diabetes、Status则为字符型变量 3. 逻辑型变量 4. 阅读全文
posted @ 2019-12-03 19:49 ScSexplorer 阅读(1099) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 什么是工作空间? 工作空间(workspace)就是当前 R 的工作环境,它储存着所有用户定义的对象(objectives)包括了向量、矩阵、函数、数据框、列表等。 处理 R 文件的工作流程 r 设置当前的工作目录 setwd("/Users/lichengyu/Desktop/Dataset") 阅读全文
posted @ 2019-11-11 21:07 ScSexplorer 阅读(993) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 定义 主要指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的 DNA 序列多态性。 在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA "序列多态性" 。即:在不同个体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中,绝大多数核苷酸序列一致而只有一个碱基不同的现象。 首先来看看多态性(polymorphism)的英文解释 阅读全文
posted @ 2019-10-10 17:48 ScSexplorer 阅读(3777) 评论(0) 推荐(0) 编辑