16s rRNA

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Bokulich N A, Subramanian S, Faith J J, et al. Quality-filtering vastly improves diversity estimates from Illumina amplicon sequencing[J]. Nature methods, 2013, 10(1): 57-59.

这篇文章提出了一个关键过滤参数，一个OTU最少含有总测序数据量的c = 0.005%

 

Caporaso J G, Lauber C L, Walters W A, et al. Global patterns of 16S rRNA diversity at a depth of millions of sequences per sample[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2011, 108(Supplement 1): 4516-4522.

这是算是最早认证Illumina测序数据分析16s rRNA的可行性，那时候还是只是测序仪2000，只能测一个可变区域v3或者v6,现在随着测序长度的增加一般都可以测2个可变区了。该篇文章以前基本上都是454的天下，另外一个值得注意的结论是，16s rRNA分析目前准确的定位也就是在属一级，所以你在目前的分析结果里面，你给出门一级和属一级的结果就可以了。至于种一级的分析结果主要受测序长度的限制。

 

关于beta多样性矩阵的一些解释的文章：

Swenson N G. Phylogenetic beta diversity metrics, trait evolution and inferring the functional beta diversity of communities[J]. PloS one, 2011, 6(6): e21264.

 

关于基于16s rRNA来预测功能的文献，感觉不伦不类，实在没必要：

Aßhauer K P, Wemheuer B, Daniel R, et al. Tax4Fun: predicting functional profiles from metagenomic 16S rRNA data[J]. Bioinformatics, 2015, 31(17): 2882-2884.Langille M G I, Zaneveld J, Caporaso J G, et al. Predictive functional profiling of microbial communities using 16S rRNA marker gene sequences[J]. Nature biotechnology, 2013, 31(9): 814-821.

 

如果用建议用这篇文章的PICRUSt

Kuang J L, Huang L N, Chen L X, et al. Contemporary environmental variation determines microbial diversity patterns in acid mine drainage[J]. The ISME journal, 2013, 7(5): 1038-1050.

 

关于微生物研究的经典杂志：The ISME Journal、 Environmental Microbiology、Applied and Environmental Microbiology