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摘要： 根据你的需求，这里是对于如何基于 local_protein_ids 构建矩阵并进行消息传递的解释和注释。 任务概述 构建矩阵：基于 local_protein_ids，为每个局部蛋白质构建一个矩阵。矩阵中的每个元素表示两个残基的组合，通过 MLP 生成对应的特征向量。 有向特性：矩阵是有向的，因此 阅读全文