马踏飞燕Beautiful

摘要： 素材路径：https://www.codeforge.cn/read/428275/bsmap-2.74-_-main.cpp__html 1.C/C++预处理指令，常见的预处理指令如下： 参考：https://www.cnblogs.com/zi-xing/p/4550246.html 什么是预处 阅读全文

摘要： 这里提到awk，相信写shell的朋友都会接触到。AWK 是一种用于处理文本的编程语言工具。AWK 提供了极其强大的功能： 可以把awk看作一门完全的程序设计语言，它处理文本的速度是快得惊人的。现在很多基于shell 日志分析工具都可以用它完成。设计简单，速度表现很好。 涉及到以上六个方面内容，我会 阅读全文

摘要： 1、计算以e为底的对数，我们可以直接使用log函数：my $log_e = log($value); 2、计算以10为底的对数： use POSIX qw(log10);my $log_10 = log10($value）； 3、有了以上两个函数中的任何一个，那么我们就可以计算任意数的对数了，计算方 阅读全文

摘要： 1.par(mar=c(8,5.2,8,5.2),new=TRUE,cex=1.5,mfrow=c(2,2)) （参考：http://blog.sina.com.cn/s/blog_6caea8bf0100yk4h.html） mar = c(4, 4, 0.5, 0.5) #设定下边距和左边距为4 阅读全文

摘要： 0.正则匹配字典：http://www.cnblogs.com/itech/archive/2010/03/19/1689793.html 1.$/=">";重新定义字符串分隔符为“>”. 2.perl 中/ms,/msg,/gms是什么意思? 正则表达式中，//msg和//gms意思一样。 //g 阅读全文

摘要： 0.统计（文件|压缩文件）的行数 zcat file.gz | sed -n '$=' #迅速。直接打印出多少行。-n 取消默认的输出,使用安静(silent)模式 '$=' 不知道是什么意思 zcat file.gz | awk ‘END{print NR}’ # 迅速。解压打开文件，输出文件最后 阅读全文

摘要： SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写。像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件。samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件。具体地址：http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf 很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思 阅读全文

摘要： Roche 454，Solexa和ABI SOLID均有单端测序和双端测序两种方式。在基因组De Novo测序过程中，Roche454的单端测序读长可以达到400p，经常用于基因组骨架的组装，而Solexa和ABI SOLID双端测序可以用于组装scaffolds和填补gap。下面以solexa为例 阅读全文

摘要： samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件，根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件， 能够快速的提取任意区域的序列 用法： samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求：对于每条序列，除了最后一行外， 其他行的 阅读全文

摘要： 0，glob()函数 my @infile = glob("$indir/*.txt.gz"); #获得指定路径下的文件名，并形成列表，如果$indir为空，则自动匹配当前目录下的指定文件名 1，sprintf()函数 my $rate_CG = sprintf("%.2f",$methy_CG*1 阅读全文