摘要：一、基因工程技术 是一种利用生物技术手段对生物体进行基因改造的技术，它的理论基础是分子遗传学，并借助分子生物学和微生物学的现代方法来实现。以下是关于基因工程技术的详细解释： 定义与原理： 基因工程又称基因拼接技术和DNA重组技术，是通过在体外构建杂种DNA分子并导入活细胞，以改变生物原有的遗传特性、 阅读全文

摘要：一、bwa比对软件的使用 1、对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 参数：is[默认] or bwtsw，即bwa构建索引的两种算法，两种算法都是基于BWT的（BWT search while the CIGAR string by Smith-Wat 阅读全文

摘要：SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写。像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件。samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件。具体地址：http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf 很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思 阅读全文

摘要：Roche 454，Solexa和ABI SOLID均有单端测序和双端测序两种方式。在基因组De Novo测序过程中，Roche454的单端测序读长可以达到400p，经常用于基因组骨架的组装，而Solexa和ABI SOLID双端测序可以用于组装scaffolds和填补gap。下面以solexa为例 阅读全文

摘要：samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件，根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件， 能够快速的提取任意区域的序列 用法： samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求：对于每条序列，除了最后一行外， 其他行的 阅读全文

摘要：一、甲基化测序技术 1、12种DNA甲基化测序技术 1）什么是DNA的甲基化呢？ DNA甲基化是指针对DNA序列上的CpG岛，由甲基化转移酶将S腺苷甲硫氨酸的甲基转移给胞嘧啶。其中，5’甲基胞嘧啶(5mC) 的甲基化是一个非常重要的表观遗传学修饰事件，该事件能够调控基因活性，并影响着如细胞分化、转录 阅读全文

摘要：背景： 1、为什么要从头测序组装基因组？ 基因组是不同表型的遗传基础；获得参考基因组是深入研究一个生物体全基因组的第一步也是必须的一步；从头测序组装能够对新的测序物种构建参考基因组； 2、为什么要研究全基因组？ 确定基因组中缺失了什么；确定难以生化研究的基因和pathways；研究感兴趣的pathw 阅读全文