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冯阳
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2021年2月
rdf, msd, group/group, com 计算脚本
摘要: 看到有大神发关于这几个命令的计算代码,自己收藏! 1 rdf rdf又称g( r ),rdf的计算与输出通过以下命令计算输出: 1 compute ID group-ID rdf Nbin itype1 jtype1 itype2 jtype2 ... 2 fix ID group-ID ave/t
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posted @ 2021-02-24 09:54 冯阳
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2020年10月
错误汇总
摘要: 一、ERROR on proc 0: Neighbor list overflow, boost neigh_modify one or page 出现这个错误的直接原因是体系中某些原子的近邻数超过了2000个(除非你使用neigh_modify命令增加了允许的近邻数),而导致这个错误的可能因素有:
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posted @ 2020-10-29 21:49 冯阳
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势函数查询网站
摘要: EAM及其合金势函数 寻找势函数 相关网站: https://www.ctcms.nist.gov/potentials/ http://enpub.fulton.asu.edu/cms/potentials/main/main.htm https://spasmmini.weebly.com/ h
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posted @ 2020-10-18 15:10 冯阳
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2020年7月
SPC/E--在网上找到,随手保存备份
摘要: 在网上找到,随手保存备用。 1、 Lammps In.spce log water-min-npt.logecho screenunits realdimension 3boundary p p patom_style fullatom_modify id yes map arraybond_sty
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posted @ 2020-07-09 20:28 冯阳
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lammps--命令注意
摘要: 1.create_box 这个关键字看似简单实则让人难受。 ①在写这个关键字的时候切记:一一对应原则,即: bond/types 对应 extra/bond/per/atom angle/types 对应 extra/angle/per/atom dihedral/types 对应 extra/di
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posted @ 2020-07-09 20:09 冯阳
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2020年4月
日常错误——read_data
该文被密码保护。
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posted @ 2020-04-24 17:27 冯阳
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VMD中两个模型合并,并导出为lammps的data文件
摘要: 1 两个模型合并 2 导出data文件 topo writelammpsdata XXX.data
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posted @ 2020-04-16 11:16 冯阳
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建水盒子
摘要: 1 MS(Materials Studio) 2 VMD(Visual Molecular Dynamic) 2.1 保存模型 1 直接保存在当前目录下的psf 和pdb文件 2 另存在其他路径下 (1) 然后执行保存命令即可。 (2) (3)VMD文件转存为Lammps文件 2.2 读取模型 (1
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posted @ 2020-04-11 11:36 冯阳
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