nnUnetV1 详细使用方法

在mac中连接服务器，先进入跳板机，只需要打开终端，输入

ssh ywy@182.44.113.52

第一次连接时会询问yes/no，选择yes. 进入跳板机后，输入以下命令进入我的文件夹

cd RL_W_Group/YuWang/

这里我们用nnunet举例子，先进入以下文件夹中操作

cd RL_W_Group/YuWang/YuWang/YuWang_Unet/

首先在本地机器中下载数据，网站是
https://msd-for-monai.s3-us-west-2.amazonaws.com/Task02_Heart.tar
这里我将其保存到本地路径/Users/yu/Work/Unet/Task02_Heart
接下来，我们从本地将文件传输到跳板机中，在本地终端中使用如下命令

scp -r /Users/yu/Work/Unet/Task02_Heart ywy@182.44.113.52:/home/ywy/RL_W_Group/YuWang/YuWang/YuWang_Unet

此时我们已经将数据文件准备妥当，其存放在RL_W_Group/YuWang/YuWang/YuWang_Unet/路径下的Task02_Heart文件当中。

接下来是配置环境，这里我们直接在跳板机上配置环境并打包。

我们可以查看一下当前有哪些conda环境

conda env list

此时返回的是

(base) ywy@ecm-cfe1-0003://home/ywy/RL_W_Group/YuWang/YuWang/YuWang_Unet/Task02_Heart$ conda env list
# conda environments:
#
base                  *  /home/ywy/RL_W_Group/AngDong/software/anconda3
MolGraphEnv-2.0          /home/ywy/RL_W_Group/AngDong/software/anconda3/envs/MolGraphEnv-2.0
YuWang                   /home/ywy/RL_W_Group/AngDong/software/anconda3/envs/YuWang
ddaa                     /home/ywy/RL_W_Group/AngDong/software/anconda3/envs/ddaa
example                  /home/ywy/RL_W_Group/AngDong/software/anconda3/envs/example
ghypy37                  /home/ywy/RL_W_Group/AngDong/software/anconda3/envs/ghypy37
ghypy38                  /home/ywy/RL_W_Group/AngDong/software/anconda3/envs/ghypy38
m_env                    /home/ywy/RL_W_Group/AngDong/software/anconda3/envs/m_env
pym                      /home/ywy/RL_W_Group/AngDong/software/anconda3/envs/pym
r_env                    /home/ywy/RL_W_Group/AngDong/software/anconda3/envs/r_env
tanyj23_env              /home/ywy/RL_W_Group/AngDong/software/anconda3/envs/tanyj23_env
xier                     /home/ywy/RL_W_Group/AngDong/software/anconda3/envs/xier
yuwang                   /home/ywy/RL_W_Group/AngDong/software/anconda3/envs/yuwang

我已经配置好了名为YuWang的环境，主要是nnunet的东西。配置的流程可以参考：

conda create -n YuWang python=3.8
conda activate YuWang
pip install nnunet

接下来将这个环境打包，使用命令

conda pack -n YuWang -o /home/ywy/RL_W_Group/YuWang/YuWang/YuWang_Unet/YuWang.tar.gz

此时我们已经将环境文件准备妥当，其存放在RL_W_Group/YuWang/YuWang/YuWang_Unet/路径下的YuWang.tar.gz文件当中。

接下来，我们将其传输到计算节点中
环境：

scp /home/ywy/RL_W_Group/YuWang/YuWang/YuWang_Unet/YuWang.tar.gz ywy@172.16.0.14:/home/ywy/RL_W_Group/YuWang/YuWang/YuWang_Unet/env/

数据：

scp -r /home/ywy/RL_W_Group/YuWang/YuWang/YuWang_Unet/Task02_Heart ywy@172.16.0.14:/home/ywy/RL_W_Group/YuWang/YuWang/YuWang_Unet/data/

接下来进入计算节点

ssh ywy@172.16.0.14

进入环境文件，解压并激活

cd RL_W_Group/YuWang/YuWang/YuWang_Unet/env/
tar -xzf YuWang.tar.gz
source /home/ywy/RL_W_Group/YuWang/YuWang/YuWang_Unet/env/bin/activate

配置环境变量, 打开 ~/.bashrc 文件：

vim ~/.bashrc

文件底部添加以下内容,直接按 i 键可以对文件进行修改

export nnUNet_raw_data_base="$HOME/RL_W_Group/YuWang/YuWang/YuWang_Unet/nnUNet_raw"
export nnUNet_preprocessed="$HOME/RL_W_Group/YuWang/YuWang/YuWang_Unet/nnUNet_preprocessed"
export RESULTS_FOLDER="$HOME/RL_W_Group/YuWang/YuWang/YuWang_Unet/nnUNet_trained_models"

export nnUNet_raw="$HOME/RL_W_Group/YuWang/YuWang/YuWang_Unet/nnUNet_raw"
export nnUNet_preprocessed="$HOME/RL_W_Group/YuWang/YuWang/YuWang_Unet/nnUNet_preprocessed"
export nnUNet_results="$HOME/RL_W_Group/YuWang/YuWang/YuWang_Unet/nnUNet_trained_models"

在 vim 中，按 Esc 键，然后输入 :wq 保存并退出。

更新.bashrc文件：

source ~/.bashrc

验证环境变量是否正确设置：应该打印出正确的文件夹

echo $nnUNet_raw
echo $nnUNet_preprocessed
echo $nnUNet_results

在/home/ywy/RL_W_Group/YuWang/YuWang/YuWang_Unet/data/中使用

mkdir -p $nnUNet_raw_data_base/nnUNet_raw_data
mv Task02_Heart $nnUNet_raw_data_base/nnUNet_raw_data/

运行以下命令将数据格式转换为 nnUNet 的格式：

nnUNet_convert_decathlon_task -i $nnUNet_raw_data_base/nnUNet_raw_data/Task02_Heart

数据预处理

nnUNet_plan_and_preprocess -t 002 --verify_dataset_integrity

模型训练,训练 2D U-Net 模型：

nnUNet_train 2d nnUNetTrainerV2 Task002_Heart 3

模型推理,使用训练好的模型进行推理：

nnUNet_predict -i INPUT_FOLDER -o OUTPUT_FOLDER -t 002 -m 2d

把计算节点的文件传输回到跳板机的命令，在跳板机上执行

scp ywy@172.16.0.14:/home/ywy/RL_W_Group/YuWang/YuWang/YuWang_Unet/data/progress.png /home/ywy/RL_W_Group/YuWang/YuWang/YuWang_Unet/

把跳板机的文件传回本地，在本地执行：

scp ywy@182.44.113.52:/home/ywy/RL_W_Group/YuWang/YuWang/YuWang_Unet/progress.png /Users/yu/Work/Unet/